ابوجعفر امام محمد باقر(ع) اول رجب سال 57 هجرى قمرى در مدینه متولد شد. (ولادت ایشان را سوم صفر نیز نوشته اند).
القابی مانند شاکر، صابر و هادی نیز برای آن حضرت عنوان شده است که هر یک معرف صفتی از صفات و ویژگیهای بارز آن امام بزرگوار است.
کنیه امام "ابو جعفر" و مادرش "فاطمه" دختر امام حسن مجتبی(ع) بود. پدرش حضرت سیدالساجدین، امام زین العابدین، علی بن الحسین(ع) است.
روز عاشورا و به هنگام واقعه کربلا همراه پدر و در کنار جد بزرگوار خود حضرت سید الشهدا، کودکی بود که به چهارمین بهار زندگی نزدیک می شد.
دوران امامت امام محمد باقر(ع) از سال 95 هجری که سال شهادت امام زین العابدین(ع) است آغاز شد و تا سال 114 هجری یعنی 19 سال و چند ماه ادامه داشت.
در این زمان تحریف و دور شدن از اصل و حقیقت، معارف اسلامی را تهدید می کرد چرا که متکلمان آن روز ، به میل و سلیقه شخصی و یا مقامات رسمی و صاحبان قدرت، فقه، عقاید، کلام و اخلاق را تبیین و تفسیر می کردند .
این گروه همچنین برای حفظ منافع شخصی و گروهی، تعلیمات قرآنی به ویژه مسئله امامت و ولایت را که پس از واقعه عاشورا و حماسه کربلا افکار بسیاری از حق طلبان را به حقانیت آل علی (ع) متوجه کرده بود به انحراف می کشیدند .
با توجه به این فعالیتها، شرایط امام بسیار حساس بود که باید با درایت و هوشمندی به حفظ و حراست از معارف دینی و اسلامی می پرداخت . به همین دلیل نیز امام محمد باقر(ع) و پس از وی امام جعفر صادق(ع) ازاوضاع روز برای نشر تعلیمات اصیل اسلامی و معارف حقه بهره جستند و دانشگاه تشیع و علوم اسلامی را پایه ریزی کردند.