به باور آیت الله جوادی آملی مهمترین مسئله در تمدن دانشگاه، تدیّن دانشگاه است. یعنی دانشگاهی متمدّ‌ن است که متدیّن باشد. علامه جوادی آملی با رد ادعای سکولار بودن دانش، تمام علوم را از حیث اینکه یا نقل خداوند و یا فعل خداوند را بررسی می کنند دینی میدانند واین شبهه که اگر علم، دینی باشد وقتی خطایی پیدا شد این خطا به دین برمی‌گردد، پاسخ میدهند که علم خطا نمی‌کند بلکه این عالم است که خطا می‌کند.
ایشان میفرمایند: مهمترین مقوله در دانشگاه، دین است. دانشجویِ مسلمان تربیت کردن یک مسئله است و اسلامی‌کردن دانشگاه، مسئله‌ای دیگر. باید به اعمال تغییرات در محتوای کتب درسی دانشگاه‌ها توجه جدی نمود. تا علم و دانش اسلامی نشود، دانشگاه اسلامی نخواهد شد. هر دانشمند تا مادامی که فقط سر بر علم خود دارد، حق صحبت اسلامی ندارد؛ نه حق دارد بگوید خدا هست یا نیست و یا شک کند. وی تنها زمانی که توانست سر از علم خود بردارد و تفکر فلسفی پیدا کند حق دارد صحبت دینی و اسلامی کند و در مقولات مذکور اظهار نظر نماید.
آیت الله جوادی آملی معتقدند: آنچه که از غرب آمده، علم را از خلقت جدا کرد. ولی در دین اسلام اینگونه نیست. انسان با دو چراغ میبیند عقل و نقل. دانش غیر دینی نداریم. عقل به عنوان چراغ الهی است و دین راه و مسیراست. از اینرو چراغ هرگز راه نیست بلکه چراغ میتواند راه را نشان دهد. نقش عقل بر این اساس جز کشف چیز دیگری نیست و هیچ حیثیتی برای عقل جز چراغ بودن قبول ندارند. اینکه عقل شأن حکم راندن ندارد و باید عقل را کنار دین بنشانیم. آن کسی میتواند دین را جعل و تشریع کند که خالق باشد پس چون عقل خالق نیست، شارع نیزنیست. عقل نمیتواند بالاتر از علم حصولی راه پیدا کند و از علم الیقین بگذرد بلکه تا آنجا که لفظ، عبارت و مفهوم است، عقل راه ندارد ولی به حوزه و دایره وحی که حوزه عینیت و شهود حقیقت است قطعا راه ندارد. لذا کنار هم نشاندن عقل و وحی امری ناصواب است.
از منظر آیت الله جوادی آملی عقل نیز مانند نقل حجت و معتبر است و از این جهت فرقی باهم ندارند. زیرا عقل و نقل به یک مبدأ و مصدر برمیگردند. همه مراتب عقل از عقل تجربی تا عقل ناب حتی عقل عرفی که موجب طمأنینه عقلانی باشد حجت شرعی هستند.
علم غیر اسلامی نمیشود
از منظر آیت الله جوادی آملی، علم مثل فرش نیست که ماشینی و دستباف داشته باشد، یعنی دانش را نمیتوان مثل تقسیم فرش به ماشینی و دستباف به اسلامی و غیراسلامی قسمت کرد. لذا فیزیک، شیمی یا طب به اسلامی و غیراسلامی قسمت نمیشوند. بلکه علم اگر علم باشد و نه وهم و خیال و فرضیه محض، هرگز غیر اسلامی نمیشود. علمی که اوراق کتاب تکوین الاهی را ورق میزند. پرده از اسرار و رموز آن برمیدارد به ناچار اسلامی و دینی است و معنا ندارد که آن را به دینی و غیردینی و اسلامی و غیراسلامی تقسیم کنیم.
بر این اساس ما دو نوع دانش دینی داریم یکی کلام خدا را در دستور کاردارد و دیگری فعل خدا را. از یکسو علوم و دانش طایفهای از مشتغلین به دینشناسی که متمرکز بر ادله نقلی هستند و در حوزههای علمی به فهم و تفسیر آنچه خدا گفته مشغول هستند و قول خدا را محور و موضوع تلاش علمی خویش قرار دادهاند دینی و اسلامی است. از سوی دیگر در کنار حوزههای علمی، دانشگاههای اسلامی قرار میگیرد که همت خود را مصروف ادراک و فهم فعل خداوند قرارداده و در صدد تفسیر جهان خلقت است. اگر تفسیر قول خدا، علم اسلامی را به دست میدهد، تفسیر فعل خدا نیز علمی را به دست میدهد، تفسیر فعل خدا نیز علمی اسلامی محسوب میشود.
از اینرو ایشان معتقدند که اضافه اسلامی به علم یا علوم اضافه تقییدی نیست بلکه توصیفی است، بدین معنا که بیان علم یا علوم اسلامی، جهت تمایزآن از علوم غیر اسلامی نیست، بلکه برای ذکر وصف لازم علم است، یعنی علم جز اسلامی نیست و آن دانشی که اسلامی نباشد جز پندار و خیال و بازی جهت گذران زندگی دنیا نیست.
ایمان و کفر عالم، علم را اسلامی و غیراسلامی نمی‌کند
آیت الله جوادی آملی معتقدند که ایمان و کفر عالم و مفسر در اصل فهم کتاب تکوین و اصل علم به کتاب تشریع تأثیر نمیگذارد و علم را اسلامی و غیراسلامی نمی‌کند. اما در رشد فهم و درستتر و عمیقتر فهمیدن مؤثر است. بدین جهت به طور مثال علم فیزیک درشرایطی که مفید یقین و طمأنینه عقلانیه است و در مرز فرضیه و وهم و گمان بهسر نمیبرد، یقینا اسلامی است، هرچند فیزیکدان ملحد یا شکاک باشد. این که او به سبب اعوجاج و الحادش ارتباط عالم طبیعت با خدا را قطع کرده و خلقت را باور ندارد، موجب آن نیست که فهم او از طبیعت در صورتی که حقیقتا علم یا کشف اطمینانآور باشد، فاقد حجیت و اعتبار شرعی تلقی گردد و تفسیر فعل خدا قلمداد نشود.
مراحل تولید علو دینی
آیت الله جوادی آملی پس از ترسیم جامع نقشه ارتباط دین، عقل و علم و مهندسی جامع علم دینی مراحل تولید علم دینی و اسلامیسازی علوم تجربی و متون درسی دانشگاه‌ها را در دو قدم طراحی میکنند.قدم اول:1-عنوان طبیعت برداشته شود و به جای آن عنوان خلقت قرار بگیرد یعنی اگر عالمی بحث می‌کند که فلان اثر در فلان ماده معدنی هست یا فلان گونه گیاهی چنین خواص و آثاری دارد، با تغییر عنوان یادشده اینگونه میاندیشد و آن را تبیین می‌کند که این پدیدهها و موجودات چنین آفریده شدهاند.2- عنوان خالق که مبدأ فاعلی است ملحوظ باشد، یعنی آفریدگار حکیم، صحنه خلقت را چنین قرارداده که دارای آثار و خواص ویژهای باشند.3-هدف خلقت که پرستش خدا و گسترش عدل و داد است منظورشود.4- محور بحث دلیل معتبر نقلی مانند آیه قرآن یا حدیث صحیح قرار بگیرد.5- ازتأییدهای نقلی و تحلیلهای آن استمداد شود.6-در هیچ موردی ادعا نشود که عقل در این مورد کافی است. همچنان که نباید فقط به نقل هم اکتفا نمود و از عقل پرهیز کرد.7-تفسیر هرجزئی از خلقت با در نظر گرفتن تفسیر جزء دیگر.
قدم دوم: به اعتقاد ایشان پس از قدم اول نوبت به قدم دوم میرسد یعنی کنار زدن منطق قارونی، زیرا تفکر قارونی مانع اسلامی کردن علوم است. مشکل قارون آن بود که ثروت و توفیق خویش را تنها مرهون تلاش و زحمت و دانش و تعقل خود میدانست و سهمی برای خداوند قائل نبود و میگفت"انما اوتیته علی علم عندی" جزای این خودمحوری و نادیده گرفتن تأثیر الهی آن شد که زمین او را در خود کشید. نگاه قارونی، به مسئله جمع ثروت و موفقیت اقتصادی محدود نمیشود، آثار زیانبار خود را خواهد داشت.در عرصه کسب دانش و معرفت نیز بسیاری افراد فکر قارونی دارند و از منطق قارون پیروی میکنند، زیرا معلم واقعی را نمیبینند و علم را یکسره مرهون تلاش و کوشش و استعداد فردی خویش میدانند. غافل از اینکه در تمام دوران تحصیل بر سر سفره احسان معلم واقعی یعنی خداوند نشستهاند. بنابراین با کنار زدن منطق قارونی و باور به این که عقل و دانش سرمایه و موهبت الهی است و همچنان که نقل همتای عقل و هدایت بشر است، عقل و علم نیز موهبت خدا و حکمت او برای شناخت دین است.
آیت الله جوادی آملی خود در جمع نظریه خویش چنین نگاشتهاند: به طور خلاصه داشتن دانشگاه اسلامی منوط به داشتن علوم اسلامی است و این علوم زمانی فراهم میشود که اولا علم را به حریم هندسه معرفت دینی راه دهیم و چتر دین را بر سر آن بگسترانیم. ثانیا طبیعت را خلقت ببینیم و میان طبیعتشناسی و الهیات وفاق و آشتی برقرار کنیم و از سیر افقی فقط در مسیر علم دست برداریم و هرگونه فکرناب، اندیشه سره ، عقل صرف و رهاورد عالم صائب را موهبت الهی بدانیم که به انسان عطا کرده است.