نام مبارك امام پنجم، محمد است . لقب آن حضرت باقر يا باقرالعلوم است، چرا كه درياي دانش را شكافت و اسرار علوم را آشكار ساخت.
القاب ديگري مانند شاكر، صابر و هادي نيز براي آن حضرت ذكر كرده اند كه هر يك معرف صفتي از صفات آن امام بزرگوار است.
كنيه امام "ابو جعفر" و مادرش "فاطمه" دختر امام حسن مجتبي(ع) بود. پدرش حضرت سيدالساجدين، امام زين العابدين، علي بن الحسين(ع) است. تولد حضرت باقر(ع) در روز جمعه سوم ماه صفر سال 57 هجري در مدينه اتفاق افتاد.
در واقعه جانگداز كربلا همراه پدر و در كنار جد بزرگوار خود حضرت سيد الشهداء، كودكي بود كه به چهارمين بهار زندگيش نزديك مي شد. دوران امامت امام محمد باقر(ع) از سال 95 هجري كه سال شهادت امام زين العابدين(ع) است آغاز شد و تا سال 114 هجري يعني مدت 19 سال و چند ماه ادامه داشت.
در دوره امامت امام محمد باقر (ع) و فرزندش امام جعفر صادق(ع) مسائلي مانند انقراض امويان و بر سر كار آمدن عباسيان و ايجاد مشاجرات سياسي و ظهور سرداران و مدعياني مانند ابوسلمه خلال و ابومسلم خراساني و ديگران مطرح است، ترجمه كتابهاي فلسفي و مجادلات كلامي در اين دوره پيش مي آيد و عده‌اي از مشايخ صوفيه و زاهدان و قلندران وابسته به دستگاه خلافت پيدا مي شوند.
قاضي‌ها و متكلماني به دلخواه مقامات رسمي و صاحب قدرتان پديد مي آيند و فقه، قضاء، عقايد، كلام و اخلاق را بر طبق مصالح مراكز قدرت خلافت شرح و تفسير مي كنند و تعليمات قرآني به ويژه مسئله امامت و ولايت را، كه پس از واقعه عاشورا و حماسه كربلا، افكار بسياري از حق طلبان را به حقانيت آل علي (ع) متوجه كرده و پرده از چهره زشت ستمكاران اموي و دين به دنيا فروشان برگرفته بود، به انحراف مي كشاندند و احاديث نبوي را در بوته فراموشي قرار مي‌دادند.
اينها عواملي بسيار خطرناك بود كه بايد حافظان و نگهبانان دين در برابر آنها بايستند. بدين جهت امام محمد باقر(ع) و پس از وي امام جعفر صادق(ع) از موقعيت مساعد روزگار سياسي، براي نشر تعليمات اصيل اسلامي و معارف حقه بهره جستند و دانشگاه تشيع و علوم اسلامي را پايه ريزي كردند. زيرا اين امامان بزرگوار و بعد شاگردانشان، وارثان و نگهبانان حقيقي تعليمات پيامبر(ص) و ناموس و قانون عدالت بودند و مي بايست به تربيت شاگرداني عالم و عامل و ياراني شايسته و فداكار اهتمام مي ورزيدند و فقه آل محمد(ص) را جمع، تدوين و تدريس كنند. به همين جهت محضر امام باقر(ع) مركز علما و دانشمندان و راويان حديث و خطيبان و شاعران بنام بود.
دانش امام باقر عليه السلام نيز همانند ديگر امامان از سرچشمه وحى بود. آنان آموزگارى نداشتند و در مكتب بشرى درس نخوانده بودند. «جابر بن عبدالله» نزد امام باقر(ع) مىآمد و از آن حضرت دانش فرا مى گرفت و به آن گرامى مكرر عرض مىكرد: اى شكافنده علوم! گواهى مىدهم تو در كودكى از دانشى خداداد برخوردارى.
در مكتب تربيتي امام باقر(ع) علم و فضيلت به مردم آموخته مي‌شد. ابوجعفر امام محمد باقر(ع) متولي صدقات حضرت رسول(ص) و اميرالمؤمنين(ع) و پدر و جد خود بود و اين صدقات را بر بني هاشم و مساكين و نيازمندان تقسيم مي كرد و اداره آنها را از جهت مالي به عهده داشت. امام باقر(ع) داراي خصال ستوده و مؤدب به آداب اسلامي بود. سيرت و صورتش ستوده بود، پيوسته لباس تميز مي پوشيد و در كمال وقار و شكوه حركت مي فرمود. بسيار گشاده رو و با مؤمنان و دوستان خوش برخورد بود.
مدت بيست سال معاويه در شام و كارگزارانش در مرزهاي ديگر اسلامي در واژگون جلوه دادن حقايق اسلامي - با زور و زر و تزوير و اجير كردن عالمان خود فروخته تلاش بسيار كردند. ناچار حضرت سجاد(ع) و فرزند ارجمندش امام محمد باقر(ع) پس از واقعه جانگداز كربلا و ستمهاي بي سابقه آل ابوسفيان، كه مردم به حقانيت اهل بيت عصمت (ع) توجه كردند، در اصلاح عقايد مردم به ويژه در مسئله امامت و رهبري، كه تنها شايسته امام معصوم است، سعي بليغ كردند و معارف حقه اسلامي را در جهات مختلف به مردم تعليم دادند تا كار نشر فقه و احكام اسلام به جايي رسيد كه فرزند گرامي آن امام، حضرت امام جعفر صادق(ع) دانشگاهي با چهار هزار شاگرد پايه گذاري نمود و احاديث و تعليمات اسلامي را در اكناف و اطراف جهان آن روز اسلام انتشار داد.
امام سجاد(ع) با زبان دعا و مناجات و يادآوري از مظالم اموي و امر به معروف و نهي از منكر، و امام باقر(ع) با تشكيل حلقه هاي درس، زمينه اين امر مهم را فراهم نمود و مسائل لازم ديني را براي مردم روشن فرمود. رسول اكرم اسلام (ص) در پرتو چشم واقع بين و با روشن بيني وحي الهي، وظايفي را كه فرزندان و اهل بيت گرامي اش در آينده انجام خواهند داد و نقشي را كه در شناخت و معرفي معارف حقه به عهده خواهند داشت، ضمن احاديثي كه از آن حضرت روايت شده، تعيين فرموده است.