فارابی که به قول ابن خلکان «بزرگترین فلاسفه اسلام است علی‌الاطلاق» توانست اندیشۀ خود را در چهارچوب دقیقی ارائه دهد. شاید بتوان گفت نقشی که فارابی در عالم اندیشه اسلامی دارد همان موقعیتی است که «فلوطین» در فلسفه غرب از آن برخوردار است.
برای بررسی اندیشه معلم ثانی و بزرگترین شارح اندیشۀ ارسطو نخست باید دانست «که مهمترین کار فارابی توفیق میان دین و فلسفه بود. البته این کار پدیدار نویی در تاریخ فکر انسانی نیست زیرا فیلسوفان اسکندرانی هم از آن بی خبر نبودند و حتی فلوطین به فکر ایجاد مکتبی در فلسفه بود که بتواند به وسیلۀ آن میان ادیان گوناگون و فلسفه‌های مهم تجمیع ایجاد کند.
شاید طبیعت عقل اسلامی بر آن شده بود که در ضمن التقاط از مکتب‌های مختلف، متناقضات را با هم جمع آورد و معارف گوناگون را در یک واحد هماهنگ گردآورد. در واقع کار معتزله و اشعریه هم همین بود که در این راه معتزله بیشتر طرف عقل را گرفتند و اشعریه طرف سنت و همین مسئله نخستین جرقه‌ها را در اندیشۀ فارابی ایجاد کرد.». اما فارابی برای رسیدن به این مقصود از اصلی بهره می‌گیرد که تمام مخلوقات را به صادر اول می‌رساند.
فارابی می‌گوید: «شریعت و حکمت به اصل واحدی بر می‌گردد، چه بازگشت شریعت به وحی است و وحی از جانب خداست و بازگشت فلسفه به طبیعت است و طبیعت نیز صنع و آفریدۀ خداست.» مورد بعدی که فارابی از آن در جهت توفیق حکمت و شریعت استفاده می‌کند به این شرح است که او می‌گوید: «پیامبر و فیلسوف هر دو معرفت را از سرچشمۀ علم الهی می‌گیرند؛ پیامبر به واسطۀ جبرئیل که حامل وحی برای اوست و فیلسوف پس از آنکه عقل او مستفاد شد معرفت را به توسط آن از عقل فعال می‌گیرد. تفاوت ظاهری هم که وجود دارد از میان می‌رود هرگاه بدانیم اعتقاد فارابی بر این است که عقول همان فرشتگانند و عقل هم واسطۀمیان عالم بالا و عالم ماست.
فرق ظاهری میان حکمت‌دان و پیامبر از آنجاست که پیامبر حقایق را به طور جلی و آشکار و به اشکال مختلف از عالم بالا می‌گیرد ولیکن فیلسوف بر خلاف او حقایق را از قرائن و به وسیلۀ استنتاج و استدلال استنباط می‌کند و می‌کوشد تا آن‌ها را مجرد و عاری از متعلقات ماده در نظر گیرد.» ذکر این نکته هم شایان توجه است که بین فارابی شیعی با اخوان الصفا در مورد این که حقیقت واحد است و اختلاف در آرا و مذاهب امری ظاهری است و باطن امر یکی است و جز حکمای راسخ در علم آن را در نیابند هماهنگی است.
به نظر فارابی «شریعت» بدان سبب با اسلوب تمثیلی و تشبیهی بیان شده که مخاطب آن طبقات مختلف مردم است ولیکن فلسفه منحصر به گروه ویژه و کمی است که مشتغلان به آن تنها به بحث عقلی مجرد اقتصار می‌ورزند.
اما فارابی پس از طرح مسئله وفق‌دادن «حکمت» و «شریعت» به سراغ وفق افلاطون و ارسطو رفت. «فارابی میان این دو حکیم پاره‌ای اختلاف یافته؛ اما معتقد است که این اختلاف سطحی بوده و در مورد قضایای اساسی نیست. مخصوصاً آنکه آن دو مبدع فلسفه و پدید آورندۀ اصول و متمم فروعند و همۀ حکمای بعدی کم و زیاد بدان دو متکی هستند. در هر دو مورد هر آن دو حکیم بگویند پذیرفتنی است زیرا سخن آن‌ها از شوائب مبراست؛ اگر همۀ متفکران چنین عقیده‌ای ندارند ولی بیشترین را رای بر این است. حتی آن‌ها که در این باب اختلاف نظر دارند در حکمت به آن‌ها مثال می‌زنند و اندیشۀ آن‌ها را معتبر می‌دانند. وقتی چنین باشد محال است آن دو با هم اختلاف رای داشته باشند. اما اگر اختلاف ظاهری بین آن‌ها باشد از سه حال بیرون نیست؛ یا آنکه تعریفی که از فلسفه شده نادرست است، یا آنکه رای اکثریت در مورد فیلسوف بودن آن‌ها خلاف واقع است یا آنکه د رمعرفت کسانی که پنداشته‌اند که میان این دو اختلافی وجود دارد خللی است.»
به عقیده فارابی اگر اختلافی هم به شکل ظاهری میان این دو فیلسوف وجود دارد اول به روش زندگی متفاوت آن‌ها بازمی‌گردد دوم به روش آن‌ها در تالیف و سوم به مذهب فلسفی آن‌ها.
درباب اندیشۀ فارابی مباحث زیادی مطرح است از جمله در مابعدالطبیعه که شامل بحث‌های خدا، فیض ، مسئله عالم و عقل فعال و ارتباط آن با عالم، مسئله نقش بشری که شامل: طبیعت و اصل و سرانجام آن می‌شود و قوای نفس و وحدت نفس دیگر مبحث مورد تامل فارابی بوده است، همچنین درباب مسئله عقل و انواع آن که شامل عقل هیولای، عقل‌بالفعل، عقل مستفاد و عقل فعال است و اخلاق، مدینه فاضله، سیاست و نظریه نبوت در ادامه یادداشت‌ها خواهیم پرداخت.