از زندگی او اطلاع کمی در دست است و تنها منبع نوشته ابن ابار است که احتمالا آن را از شرح حالی برگرفته که خود ابن جلجل نوشته است اما احتمالا جلجل صورت تحریف شده نام اسپانیایی نیای او بوده که پس از قتح اندلس مسلمان شده است .
روشن است که در قرطبه زاده شده و از ده سالگی به تحصیل علم پرداخت . او علم حدیث را از افرادی چون احمد بن فل دینوری و ابوالحزم وهب بن مسره، فقیه و محدث مراکز علمی قرطبه آموخت .
در 26 سالگی ادب عرب و الکتاب سیبویه را نزد محمدبن یحیح رباحی، ادیب و فقیه مشهور اندلیس فرا گرفت .
وی از چهارده سالگی به پزشکی علاقمند شد و در 24 سالگی در پزشکی صاحب رأی و نظر شد و به سبب همین مهارت در پزشکی و داروشناسی به سمت طبیب خاص خلیفه هشام دوم المؤید اموی برگزیده شد .
درباره تاریخ درگذشت ابن جلجل اطلاعی در دست نیست، آخرین بار در سال 377 از او یاد شده است ابن جلجل در این سال کتاب طبقات الاطباء را به پایان برد ، اما به یقین می توان گفت که تاریخ وفات او بعد از سال 384 قمری بوده است .
تفسیر اسماء الادویة المفردة، مقالة فی ذکر الادویة التی لم یذکرها دیسقوریدس فی کتابه از جمله آثار او هستند.