این مسجد به نام عمر علی سیف الدین سوم، بیست هشتمین سلطان برونئی نامگذاری شده و به عنوان نماد دین اسلام در این کشور خط افق بندر سری بگاوان را تحت سلطه خود در آورده است.
کار ساخت این مسجد سال 1958 به اتمام رسید و آن را به نمونه تأثیرگذار معماری مدرن اسلامی تبدیل کرد.
معماری این مسجد از ترکیب معماری مغول و سبکهای ایتالیایی تشکیل شده است. طرح مسجد براساس طرحهای کاوالیر رودولفو نولی معمار ایتالیایی که سالها در خلیج تایلند کار می کرد ساخته شده است.
این مسجد روی یک تالاب مصنوعی در سواحل رودخانه برونئی ساخته شده است. مسجد سلطان عمر علی سیف‌الدین دارای مناره های مرمری و گنبد طلایی با صحن‌ها و باغهای حاصلخیز و مملو از فواره است.
اطراف این مسجد را درختها و باغهای پراز گل به نشانه توصیفها و نمادهای بهشت در تعالیم اسلامی فراگرفته است.
مهمترین ویژگی این مسجد این است که گنبد اصلی آن از طلای خالص پوشانده شده است. ای نمسجد 52 متر ارتفاع دارد و از هر نقطه ای در بندر سری بگاوان نمایان است.
مناره اصلی این مسجد بلندترین بخش مسجد است و دارای آسانسوری برای رسیدن به نوک مناره است تا بازدیدکنندگان بتوانند از چشم انداز وسیع شهر لذت ببرند.
فضای داخلی این مسجد تنها برای اقامه نماز طراحی شده است و دارای پنجره هایی با شیشه های رنگی، طاق ها نیم گنبدهای و ستونهای مرمین است.
به طور تقریبی می توان گفت تمام موادی که برای ساخت این مسجد مورد استفاده قرار گرفته از خارج از برونئی وارد شده است. سنگهای مرمر ایتالیا، گرانیت شانگهای، چلچراغهای کریستال انگلستان و فرشهای عربستان سعودی در این مسجد مورد استفاده قرار گرفته است.