جعفر توفیقی در گفتگو با خبرنگار مهر در حالی که بحث داغ ادغام وزارتخانه‌ها مطرح است درباره سابقه بحث ادغام وزارتخانه‌های علوم، تحقیقات و فناوری، آموزش و پرورش و بخش آموزش پزشکی وزارت بهداشت گفت: اوج بحث ادغام وزارت فرهنگ و آموزش عالی و آموزش پزشکی و ادغام وزارت فرهنگ و آموزش عالی با وزارت آموزش و پرورش در زمان برنامه سوم توسعه به خصوص در اثنای زمانی بود که قانون جدید وزارت علوم، تحقیقات و فناوری برای تصویب در مجلس مطرح شد.
وزیر اسبق علوم، تحقیقات و فناوری با بیان اینکه بحث ادغام وزارتخانه‌های آموزشی، مسبوق به سابقه است گفت: این بحث چندین بار در مجلس و محافل دیگر مطرح شده است. ادغام آموزش پزشکی با وزارت علوم بحث جداگانه‌ای از ادغام وزارت آموزش و پرورش با وزارت علوم است.
توفیقی تجربه اکثریت قریب به اتفاق کشورهای دنیا را سیستم یکپارچه آموزشی دانست و گفت: بر طبق گزارش‌هایی که وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی در سال‌های اولیه دهه 80 می‌داد جدایی آموزش پزشکی از وزارت علوم بیشتر تجربه ایران است. البته کوبا هم چنین تجربه‌ای داشته است اما از نظر آنچه امروز در دنیا اجرا می‌شود جدایی آموزش پزشکی از وزارت علوم محدود به تجربه ایران و حداکثر یک کشور دیگر می‌شود.
| ردیف | گزیده اظهارات |
| 1 | اوج بحث ادغام وزارت فرهنگ و آموزش عالی و آموزش پزشکی و ادغام وزارت فرهنگ و آموزش عالی با وزارت آموزش و پرورش در زمان برنامه سوم توسعه بود |
| 2 | تجربه اکثریت قریب به اتفاق کشورهای دنیا سیستم یکپارچه آموزشی است |
| 3 | جدایی آموزش پزشکی از آموزش عالی تجربه ای ایرانی - کوبایی است |
| 4 | جدایی آموزش پزشکی از آموزش عالی در ایران از سال 64 کلید خورد |
| 5 | جدایی آموزش پزشکی از آموزش عالی انرژی زیادی از دولت گرفت |
| 6 | گمانه صرف انرژی مجدد برای ادغام دوباره آموزش عالی و آموزش پزشکی باعث اینرسی دولتها برای ادغام می شد |
| 7 | بخش هایی از وزارت بهداشت همواره مدافع جدایی آموزش پزشکی از آموزش عالی بوده اند |
| 8 | استقلال دانشگاهها، استقلال مدارس و پیگیری سیاست عدم تمرکز به عنوان شرط نخست ادغام وزارت علوم و وزارت آموزش و پرورش باید مورد توجه قرار گیرد |
| 9 | ادغام وزارتخانه های آموزشی در ایران تا زمانی که نظام های مدیریتی متمرکز مورد اقبال هستند، فقط کارها را پیچیده تر می کند |
| 10 | کشورهایی که به سمت یکپارچه‌سازی سیستم آموزشی‌شان رفته‌اند از روش‌های مدیریت نوین و کارآمد و غیرمتمرکز استفاده می‌کنند |
وی تجربه دنیا در ادغام وزارت آموزش و پرورش با وزارت علوم را وسیع‌تر دانست و گفت: در دنیا کشورهای زیادی داریم که وزارت آموزششان یکپارچه است به عبارتی آموزش عمومی و آموزش عالی‌شان تحت پوشش یک وزارتخانه هستند. از طرف دیگر کشورهایی نیز داریم که آموزش عمومی و آموزش عالی آنها در دو وزارتخانه جداگانه راهبری می‌شود که البته این مدل در هر کشوری ویژگی‌ها و شرایط خاص خود را دارند.
وزیر اسبق علوم، تحقیقات و فناوری با بیان اینکه ادغام وزارتخانه‌های آموزشی همواره موافقین و مخالفین جدی داشته است به مهر گفت: البته بحث ادغام آموزش پزشکی در وزارت علوم را باید جداگانه از بحث ادغام در آموزش و پرورش با آموزش عالی مورد بررسی قرار دهیم. درباره ادغام آموزش پزشکی و وزارت علوم در وزارت علوم بحث زیاد بوده منتها همواره وزارت بهداشت یا لااقل بخش‌هایی از وزارت بهداشت از این تجربه و دستاوردهای مثبت آن دفاع می‌کردند.
وی با یادآوری اینکه آموزش عالی و آموزش پزشکی تا سال 64 در ایران به صورت یکپارچه راهبری می‌شده است گفت: از سال 64 انرژی زیادی به دولت تحمیل شده بود تا جدایی آموزش عالی از آموزش پزشکی صورت گیرد. بنابراین طرح مجدد ادغام این را به ذهن متبادر می‌کرد که دوباره انرژی بسیار زیادی باید صرف شود تا این دو نظام یکی شوند.
توفیقی افزود: ادغام آموزش و پرورش و وزارت علوم نیز موافقین و مخالفینی دارد. بخصوص اینکه عده‌ای معتقدند ادغام وزارت علوم و آموزش و پرورش پدیده بی‌رویه‌ای نیست اما مقدماتی دارد که در کشورمان فراهم نیست. از جمله مقدمات ادغام وزارت آموزش و پرورش و وزارت علوم، ضرورت استقلال دانشگاهها است. یعنی اولین پیش شرط ادغام این دو وزارتخانه این است که دانشگاهها واقعا از اختیارات کافی برخوردار باشند و وزارت علوم به این حد در امور اجرایی آنها مداخله نکند.
وزیر اسبق علوم، تحقیقات و فناوری افزود: تجربه کشورهایی که نظام آموزششان یکپارچه است همین است که دیگر وزارت علوم بار سنگین دانشگاهها را به دوش نمی‌کشد. اینکه بخواهد یک وزارتخانه هم بار سنگین دانشگاهها را به دوش کشد و هم 15 - 10 میلیون دانش آموز و ده‌ها هزار مدارس را به دوش کشد منطقی نیست. بنابراین یکی از پیش شرط‌های این ادغام استقلال دانشگاهها و استقلال مدارس و سیاست‌های عدم تمرکز است که این شرایط فراهم نیست.
وی خاطرنشان کرد: کشورهایی که به سمت یکپارچه‌سازی سیستم آموزشی‌شان رفته‌اند کشورهایی هستند که از روش‌های مدیریت نوین و کارآمد و غیرمتمرکز استفاده می‌کنند و این ادغام‌ها برای کشورهایی مانند ما که نظام‌های مدیریتی متمرکز دارند کار را پیچیده‌تر می‌کند.