به گزارش خبرگزاری مهر، شورای عالی حوزه‌های علمیه در مصوبه شماره 767 یکم خرداد ماه 90، پس از موافقت با عضویت مدیر حوزه علمیه استان قم در این شورا، کلیه وظایف و اختیارات مربوط به شورای استانی حوزه قم را بر عهده گرفت.
پس از ارتقاء ساختار تشکیلاتی مدیریت حوزه به مرکز مدیریت حوزه‌های علمیه کشور بر اساس مصوبه شورای عالی حوزه و تشکیل مدیریت‌های استانی، مدیریت حوزه علمیه قم نیز از مرکز مدیریت حوزه‌های علمیه کشور جدا سازی و در قالب یک مدیریت استانی به فعالیت خود ادامه خواهد داد.