می‌توان سلفی‌گری را به گونه‌هایی که در پی می‌آید، تقسیم کرد:
سلفی‌گری تکفیری
سلفی‌گری تکفیری به گرایش گروهی از سلفیون گفته می‌شود که مخالفان خود را کافر می‌شمارند. بر اساس مبنای فکری آنان میان ایمان و عمل تلازم وجود دارد. به این معنی که اگر کسی ایمان به خدا داشته باشد و مرتکب کبائر شود، از دین خارج شده و کافر شمرده می‌شود. در جهان اسلام تنها گروهی که چنین عقیده‌ای داشتند، خوارج بودند.
خوارج نیز ایمان را بسته به عمل می‌دانستند و فرد مرتکب کبیره را از دین خارج و واجب القتل می‌شمردند. به همین علت در برابر مسلمانان قد برافراشتند و آنان را به بهانه‌های واهی کشتند. حتی حضرت علی(علیه السلام) را نیز به این بهانه شهید کردند که به باور آنها، به علت آن که حکمیت را ـ که خود آنها به او تحمیل کرده بودندـ پذیرفت، مرتکب کبیره شده بود.
سلفی‌های تکفیری نیز چنین دیدگاهی دارند. چنین دیدگاهی موجب شده که مسلمانان را به علت انجام امور مذهبی خود، در ردیف مشرکان قرار دهند و در نتیجه آنان «مهدور الدم» شمارند. این گروه ـ مانند خوارج ـ مسلمانان را از آن جهت که همانند آنها نمی‌اندیشند و به باور آنها مشرک هستند، کافر می‌دانند.
مهم‌ترین نوع سلفی‌گری تکفیری (تکفیر مسلمانان) وهابیت است. همه‌ی جنگ‌های وهابیان با مسلمانان بوده است. "بر هر شهری که با قهر و غلبه دست می‌یافتند، خون مردم را مباح می‌دانستند. اگر می‌توانستند آن را جزو متصرفات و املاک خود قرار می‌دادند و در غیر این صورت به غنایمی که دست آورده بودند، اکتفا می‌کردند.
صلاح الدین مختار که از نویسندگان وهابی است می‌نویسد: در سال 1216 قمری «امیر سعود» با قشون بسیار متشکل از مردم نجد و عشایر جنوب حجاز و تهامه و دیگر نقاط، به قصد عراق حرکت کرد. وی در ماه ذی العقده به شهر کربلا رسید و آن‌جا را محاصره کرد. سپاهش برج و باروی شهر را خراب کرده، به زور وارد شهر شدند و بیشتر مردم را که در کوچه و بازار و خانه‌ها بودند به قتل رساندند. سپس نزدیک ظهر با اموال و غنایم فراوان از شهر خارج شدند.
وهابیان نه تنها به جرم اعتقاد شیعیان به زیارت، بسیاری از زائران را در کنار مرقد امام حسین(علیه السلام) در کربلا سر بریدند بلکه در شهرهای نجد و حجاز و سوریه که مردم از اهل سنت بودند نیز به جنایات فجیعی دست زدند. البته وهابیت تکفیری فقط مربوط به گذشته نیست، امروز نیز شیعه و اهل سنت در نگاه وهابیان معاصر کافر شمرده می‌شوند.
وهابیت سلفی تکفیری در توجیه وضع عراق، آن را در تسلط چهار گروه می‌داند: اول صلیبیون، که منظور آنها، اشغالگران آمریکایی و غربی هستند؛ دوم رافضیون، که مراد شیعیان عراق هستند؛ سوم صفویون یا همان شیعیان ایرانی هستند که به گمان آنان بر عراق تسلط دارند؛ چهارم مرتدین، یعنی اهل سنت عراق هستند که با دولت شیعه همکاری می‌کنند.
بر همین پایه نیز، به جهاد با این چهار گروه فتوا داده و کشتن و کشته شدن در این راه را موجب سعادت می‌شمارند. آنان هیچ تفاوتی میان کافران اشغالگر آمریکایی و مسلمانان شیعه و سنی این کشور قائل نیستند و همه را مستحق مرگ می‌دانند. آنان همچنین فتواهایی مبنی بر کافر بودن شیعیان و دیگر مسلمانان صادر کرده‌اند، چنانکه «عبدالرحمن ناصر البراک»، یکی از علمای وهابی، شیعه و بیشتر اهل سنت را که تمایلات صوفی دارند، کافر و مشرک می‌داند.
چنین فتواهایی در اندیشه‌های وهابیان سلفی ریشه دارند. فتوای قتل شیعیان و تخریب قبرهای امامین عسکریین(ع) از سوی علمای وهابی ـ که «بن جبرین» در رأس آنان بود ـ موجب شهادت جمعی از شیعیان و تخریب دو مقبره‌ی امام شیعه(ع) شد.
به جز وهابیان، گروه‌های تندروی دیگری نیز ـ مانند گروه‌های وابسته به مکتب سلفی «دیوبندی» در پاکستان ـ هستند که چنین اعتقادی دارند. «سپاه صحابه»، «لشکر جهنگوی»، «جیش محمد» و «لشکر طیبه» همگی از گروه‌های سلف یوابسته به شاخه‌ی افراطی دیوبندی هستند که به طور رسمی، شیعیان را کافر اعلان کرده و هر بار جنایت‌های فجیعی انجام می‌دهند.
سلفی‌گری جهادی
نظریه پردازی درباره‌ی سلفی‌گری جهادی ریشه در اندیشه‌ی اندیشمندان مصری دارد. سرچشمه‌ی این نوع از سلفی‌گری را نخست باید در اندیشه‌های «سید قطب»، رهبر شاخه انقلابی «اخوان المسلمین» مصر، جست‌و جو کرد. سید قطب با بر شمردن مفاسد عصر حاضر، جهان امروز را جامعه جاهلی معرفی کرد. وی که متأثر از اندیشمند پاکستانی «ابوالاعلی مودودی» بود نه تنها کشورهای غیر اسلامی، بلکه کشورهای اسلامی را نیز علت اجرا نکردن قوانین اسلامی، «جوامع جاهلی» نام نهاد.
او می‌گوید: «امروزه تمام جهان از لحاظ اصلی که خواستگاه پایه‌ها و نظام‌های زندگی مردم است، در جاهلیت به سر می‌برد؛ جاهلیتی که این امکانات سرسام آور رفاهی و این ابداع برجسته‌ی مادی، هیچ چیزی از آن نمی‌کاهند... .»
به عقیده او «ما امروز در جاهلیتی همانند قبل از اسلام و بلکه وحشتناک‌تر از آن گرفتار شده‌ایم؛ هر چه در پیرامون ماست، همه جاهلیت است؛ ایده‌ها و عقاید مردم،عادات و تقالید آنها، منابع فرهنگی آنها، هنرها و ادبیات آنها، شریعت‌ها و قوانین آنها و حتی سهم عمده‌ای از آنچه که ما فرهنگ اسلامی و منابع اسلامی و فلسفه‌ی اسلامی و طرز فکر اسلامی می‌نامیم، همه ساخته‌ی همین جاهلیت هستند... .»
وی در چنین شرایطی «جهاد» را مطرح می‌کند و بیان می‌کند که در این شرایط مسلمان وظیفه دارد برای برپایی دین ـ چه با کفار و چه با حاکمان دست نشانده‌ی کشورهای اسلامی ـ جهاد کند. چنین رویکردی موجب شد که «اخوان المسلمین» با تأثیر از اندیشه‌های سید قطب، مواضعی جهادی در برابر دولت مصر بگیرد.
گروه مصری دیگری که در ایجاد اندیشه‌ی سلفی‌گری جهادی تأثیر داشت،«جماعت اسلامی مصر» بود. که «عبدالسلام فرج» مانیفست جهادی آنان را نوشت. وی در سال 1979 میلادی در کتاب «الفریضة الغائبه» جهاد را به عنوان واجبی که فراموش شده است، مطرح کرد، اما در دیدگاه‌های سید قطب و عبدالسلام فرج، جنگ‌ها و اختلاف‌های فرقه‌ای وجود نداشت و عامه‌ی مردم و علما به علت اختلاف عقاید مورد حمله و کشتار قرار نمی‌گرفتند.
انحراف در اندیشه سلفی‌گری جهادی هنگامی آغاز شد که این جریان در خدمت هدف‌های سلفیان تکفیری قرار گرفت. سازمان‌هایی مانند «القاعده» و «حزب التحریر» به جای مبارزه با کافران، وارد مبارزه‌های عقیدتی درونی دینی شدند. این انحراف که تقریباً پس از جنگ افغانستان با شوروی سابق آغاز شد، رفته رفته، بر جنبه‌های فرقه‌گرایی خود افزود و به آلتی در دست متعصبان و گروه‌های تکفیری سلفی تبدیل شد. به همین علت نیز برخی، سلفی‌گری جهادی را شکل منحرف شده‌ی اندیشه‌های سید قطب می‌دانند.
دکتر «عبدالطیف هرماسی»، اندیشمند تونسی، ابعاد این انحراف را این گونه ترسیم می‌کند: «سلفی‌گری جهادی، در فعالیت‌های خود تعریف رایج میان علمای اسلام که جهان را به دو بخش اسلام و کفر تقسیم می‌کنند، توجهی ندارد؛ بلکه با توسعه در مفهوم شرک و کفر، گروه بزرگی از مسلمانان را نیز از دایره‌ی اسلام خارج می‌کند. از سوی دیگر، آنان در عین حال، رنگی کاملاً سیاسی به فعالیت‌های خود می‌دهند و روش آنان در مبارزه، جهاد است، که برای توجیه آن ناگزیر باید حکم کفر و ارتداد را برای مخالفین خود صادر کنند.
گروه‌های ارهابی و تروریستی در کشورهای اسلامی که بسیاری از آنها ریشه در القاعده دارند، در ردیف سلفی‌گری جهادی قرار می‌گیرند و فجیع‌ترین جنایت‌ها توسط گروه‌های وابسته به این جریان در کشورهای اسلامی انجام می‌شود. گروه‌هایی مانند «الجماعة المسلحه» و «الجماعة السلفیه للدعوة و القتال» در الجزایر که کشتارهای آنان در جهان اسلام معروف است. «جماعة شباب المجاهدین» در سومالی، «جماعة جند انصار الله» در رفح و «حزب التحریر» که فعالیتی جهانی دارد، نمونه‌هایی از سلفی‌گری جهادی می‌باشند.
به عنوان نمونه «زرقاوی» که رسماً‌رهبری شاخه‌ی عراقی القاعده را در دست داشت، ابتدا با هدف مبارزه با اشغالگران وارد عراق شد، اما پس از چندی رسماً به تهدید شیعیان و حتی اهل سنت عراق پرداخت و بسیاری از بمب‌گذاری‌ها که مردم بی‌گناه را در کوچه و بازار به کام مرگ کشید، توسط او انجام شد. مثله کردن و سر بریدن شیعیان از فعالیت‌های این گروه است، البته همان گونه که دیده می‌شود، میان سلفی‌گری تکفیری و سلفی‌گری جهادی، شباهت‌هایی وجود دارد، و سلفی‌گری جهادی در خدمت سلفی‌گری تکفیری قرار گرفته است.