امام علی(ع) در خطبه هجدهم نهج البلاغه می فرمایند: «دشمن ترین مردم در نزد خدا، دو کس باشند: یکى آنکه خداوند او را به حال خود رها کرده، پس، از راه راست منحرف گشته است، به سخنان بدعت آمیز دلبسته و مردم را به ضلالت فرا مى خواند. فریبى است براى کسى که بدو فریفته شود. از راه هدایتى که پیشینیانش به پیش پاى گشاندهاند، رخ بر مىتابد و کسانى را که در ایام حیاتش یا پس از مرگش به او اقتدا مىکنند، گمراه مىسازد. بار خطاهاى دیگران بر دوش کشد و در گرو خطاى خود باشد. دیگرى، کسى است که کولهبار نادانى بر پشت گرفته و در میان جماعت نادانان امت در تکاپوست. در ظلمت فتنه و فساد جولان دهد و همانند کوران، راه اصلاح و آشتى را نمىبیند. جمعى که به ظاهر آدمىاند، او را دانشمند خوانند و حال آنکه در او دانشى نیست. آغاز کرده و گردآورده، چیزى را که اندکش از بسیارش بهتر است.
امام می افزایند: خویشتن را از آبى گنده سیراب کرده و بسا چیزهاى بىفایدت که در گنجینه خاطر خود نهان دارد. در میان مردم به قضاوت نشست و برعهده گرفت که آنچه را که دیگران در شناختش درماندهاند برایشان آشکار سازد. اگر با مشکل و مبهمى رویاروى گردد، براى گشودن آن سخنانى بیهوده از رأى خویش مهیا کند که آنرا کلامى قاطع پندارد و بر قامت آن جامهاى مىبافد، در سستى، چونان تار عنکبوت. نداند رأیى که داده صواب است یا خطا. اگر صواب باشد، بیمناک است که مبادا خطا باشد و اگر خطا باشد، امید مىدارد که آنچه گفته صواب باشد. نادانى است، در عین نادانى، دست خوش خبط و خطا و با این حال ، بر اشترى سوار است که آن هم پیش پاى خود نبیند. هرگز در علمى حکم قطعى نراند.
در ادامه امام علی(ع) می فرمایند: روایات را بر باد مىدهد آن سان که گیاه خشک را بر باد دهند. به خدا سوگند، توانایى آن ندارد که درباره آنچه بر او وارد مىشود حکمى صادر کند. شایسته مسندى که بر آن نشسته است نباشد و نمىپندارد که دیگران را در چیزى که خود بدان جاهل است دانشى باشد و نمىبیند که آن سوى آنچه او بدان دست یافته دیگرى را رأى و نظرى بود. اگر مطلبى بر او پوشیده ماند کتمانش کند، زیرا به جهل خود آگاه است. خون هاى به ناحق ریخته، از جور او فریاد مىآورند. میراثهاى بناحق تقسیم شده از ظلم او مىنالند. به خداوند شکوه مىکنم از مردمى که در جهل زیستند و در ضلالت مردند. در نظر آنان هیچ متاعى کاسدتر از کتاب خدا نیست اگر آنچنانکه شایسته است تلاوت شود و هیچ متاعى رواجتر و گرانبهاتر از آن نیست اگر تحریف شده باشد و از معنى واقعى خود گردیده باشد. هیچ چیز را زشتتر از کار نیک نمىدانند و هیچ چیز را نیکوتر از زشتکارى نمىشمارند.
این سخنان امام در وصف کسانى که داورى میان مردم را به عهده مىگیرند و شایان آن نیستند. گاهى یک دعوا مطرح مىشود و قاضى به رأى خود حکم مىکند، پس از آن عین این جریان نزد قاضى دیگرى عنوان مىگردد، او درست برخلاف اولى رأى مىدهد. سپس همه نزد پیشوایشان که آنان را به قضاوت منصوب داشته گرد مىآیند، او راى همه را تصدیق مىکند، و فتواى همگان را درست مىشمارد! در صورتى که خداى آنها یکى، پیغمبرشان یکى و کتابشان یکى است!.. .
در اینجا به برخی از علل اختلافها اشاره می‌کنیم:
1. بی‌توجهی به قواعد زبان عربی و ادبیات آن که موجب سوء برداشت و تحریف آیات و روایات می گردد. روزی فردی آیه سوم سوره توبه را اینگونه قرائت کرد «... إنّ الله بریءٌ من المشرکین و رسولِهِ» یعنی رسوله را مکسور کرد که در این صورت معنای آیه این چنین می‌شود که خدا از مشرکین و رسول خود بیزار است. در حالی که رسول در این آیه باید به رفع خوانده شود و معنای صحیح آن این است که: خدا و رسولش از مشرکان بیزارند، و این امر باعث شد ابوالأسود دوئلی قرآن را به دستور حضرت امیرالمؤمنین(ع) اعراب گزاری کند.
2. غفلت از قواعد علوم قرآنی، ناسخ و منسوخ: این غفلت در صدر اسلام هم وجود داشته است. مثلاً بعضی به سیره رسول اکرم(ص) تمسک کرده‌اند و مسح بر روی کفش را جایز می‌دانستند. روزی خلیفه دوم، اصحاب پیامبر اکرم(ص) را جمع کرد و حضرت علی(ع) هم در میان آنها بود. از آنها درباره مسح برکفش سؤال کرد. مغیره بن شعبه گفت: من رسول خدا را می‌دیدم که بر کفش مسح می‌کرد. امیرالمؤمنین(ع) از او پرسید قبل از سوره مائده یا بعد از آن، مغیره گفت: نمی‌دانم حضرت امیر(ع) فرمود: «سبق الکتاب الخفین» سوره مائده دو یا سه ماه قبل رحلت رسول اکرم(ص) نازل شده، لذا این سوره ناسخ عمل رسول خداست. در این سوره امر به مسح به پاها شده است.
3. استفاده نکردن از قواعد عام زبان شناختی: از غیر معتبر مثل جمع عرفی میان مطلق و مقید و عام و خاص.
4. اختلاف در تعیین روایات معتبر از غیر معتبر: مثلاً فقیهی یک راوی را ثقه و دیگری او را غیر ثقه می داند و همین باعث تفاوت رأی آنها در عمل به یک روایت و در نتیجه تفاوت فتوای آنها می گردد.
5. اختلاف در مورد زبان متن: آیا آن را زبان عرفی و طبیعی بدانیم یا زبان ایماء و رمزی و تمثیلی. تفاسیر عرفانی قرآن در بسیاری موارد مبتنی بر رمزگشایی است، مثل قصه آدم و ملائکه که برخی آنرا واقعی می‌دانند و برخی اسطوره‌ای.
6. اختلاف نظر در شیوه تفسیر: برخی تفسیر قرآن به قرآن را پی می‌گیرند. مانند علامه طباطبائی در تفسیر المیزان و برخی تفسیر قرآن را با اتکاء به روایات.
7ـ غفلت از قراین حالیه و کلامیه: مانند شأن نزول‌ها و بستر نزول آیه.
8. غفلت از ظهور عرفی.
9. اختلاف در تشخیص مصداق: فقیهی موردی را مصداق قاعده برائت می‌داندو دیگری مصداق قاعده اشتغال.
10. اختلاف در منبع شناسی قلمرو دین: اهل حدیث اخبار صحابه را ملاک استنباط احکام می‌دانند و شیعه اخبار ائمه را.
نکتة دیگری که در این رابطه قابل ذکر است، احتمال خطا در برداشت مجتهد و متخصص است. از مباحث مطرح در علم اصول آن است که آیا فتوای مجتهد مطابق با واقع است یا نه، یعنی آیا مجتهد همیشه به واقع می‌رسد یا نه. دو نظر وجود دارد علمای اهل سنت قائل به تصویب مجتهد هستند یعنی فتوای مجتهد به واقع اصابه می‌کند و به آن دست می‌یابد که اینها خود دو گروهند. برخی می گویند واقعی وجود ندارد و فتوای مجتهد هرچه باشد به عنوان واقع ثبت می شود.