بر اين اساس پيامبر اكرم صلي الله عليه و آله پس از بنيان گذاري نظام نوين اسلامي در مدينه به منظور مداخله مسلمانان در شيوه حكومت و آگاه ساختن آنان با اهداف سياسي اسلام ، مسجدرا كه مركزي عمومي و محل تجمع مسلمانان براي اداي فرايض ديني بود ، به عنوان پايگاه حكومت و نها د سياسي اسلام برگزيد .
پيامبر اكرم صلي الله عليه و آله در مسجد اصول سياسي اسلام را ، بويژه در اموري كه مي دانست مسلمانان از نظريات و تجربيات مفيدي برخوردارند ، به شورامي گذاشت ؛ در متون تاريخي آمده است كه پيامبر صلي الله عليه و آله براي اتخاد مواضع مناسب در جنگ بدر ، در يكي از مساجد اطراف مدينه به نام مسجد « عرق الظبيه » با اصحاب به مشورت پرداخت و همچنين براي رفتن به جنگ « احد» در مسجد مدينه با مسلمانان تبادل نظر كرد .
پيامبر اكرم صلي الله عليه و آله مقدمات فكري و اجتماعي بيشتر غزوات را در مسجد فراهم مي كردند. آن حضرت با ايراد خطبه هاي گرم و پرشور ، مسلمانان را به جبهه هاي نبرد اعزام و به گفته « ابن هاشم »، پيامبر صلي الله عليه و آله و اصحاب براي حضور در غزوه احد روز جمعه پس از پايان نماز از مسجد حركت كردند .
در مغازي واقدي آمده است كه : پيامبر صلي الله عليه و آله براي شركت در جنگ « حمرا الاسد » د رحالي كه بشدت مجروح شده بودند ( از جنگ احد ) وارد مسجد شده و دو ركعت نماز گزارد . مردم جمع شده بودند و اهالي مدينه هم وقتي فرمان را شنيدند خود را به مسجد رساندند ؛ سپس پيامبر صلي الله عليه و آله مجددا دو ركعت نماز گذارده و فرموند كه اسب ايشان را بر در مسجد حاضر كنند ؟ آن حضرت زره پوشيده وشالي بر روي سر انداخته بود ، به طوري كه تنها چشمانش ديده مي شد . با اين ترتيب ، مسجد به عنوان پايگاه جها د و نهضت نيز نقش عمده اي درآن روزگار داشت .
همينطورفرستادگان قبايل و سران مختلف آن روز كه گاه براي برخي از مذاكرات با پيامبر صلي الله عليه وآله به مدينه مي آمدند ، در مسجد ، با حضرت ديدار مي كردند . جريان ملاقات آن حضرت با نمايندگان قبيله « ثقيف » در مسجد مدينه از جمله رويدادهاي مهم آن عصر است كه اكثر مورخان به تفصيل به ذكر آن پرداخته اند . چنانكه واقد مي گويد : « پيامبر اكرم صلي الله عليه و آله دستور داد سه سايبان از شاخ وبرگ درخت خرما در مسجد بسازند وايشان د رآن سايبان ها شب ها تلاوت قرآن اصحاب را مي شنيدند و شاهد عبادت آنان بودند . همچنين هنگام نماز هاي واجب ، شاهد صفوف نما ز مسلمانان بودند. نمايندگان ، چند روزي در آنجا ماندند تا به دعوت رسول خدا صلي الله عليه وآله اسلام آورند .»
علاوه بر اين بخش عمده اي ازفعاليت هاي قضايي ، فصل خصومات ، اجراي حدود بر بزهكاران وحبس و تاديب ايشان نيز در مسجد انجام مي گرفت .