هدف غایی تربیت اخلاقی در سیره معصومان(ع) نه امری بسیط که مرکب است و از اجزا و عناصری تشکیل شده است. این اجزا و عناصر عبارتند از: پرورش فضایل و از میان بردن رذایل، و پرورش فهم و تعقل اخلاقی.
بر این اساس پرورش فهم و تعقل در اهداف تربیت اخلاقی در سیره پیامبر(ص) و اهل بیت(ع) جایگاه خاصی دارد. چرا که در سیره آنان فضایل و عادتهای پسندیده بدون فهم و شناخت و آگاهی ارزشی ندارد.
پیامبر(ص) فرمود: خداوند چیزی برتر از عقل میان بندگان خود تقسیم نکرد. خواب عاقل برتر از شب زنده‌داری جاهل است و ماندن عاقل برتر از حرکت و مسافرت جاهل است. خداوند پیامبر و فرستاده‌ای برنینگیخت مگر پس از آنکه عقل او کامل و برتر از عقل همه امتش گردید. آنچه پیامبر در نظر دارد(و هنوز به آن عمل نکرده) برتر از کوششهای تمام کوشش‌کنندگان است و بنده‌ای تا خدا را درک نکند واجبات الهی را ادا نکرده است و هیچ یک از عبادت‌کنندگان از نظر فضل عبادت به پای عاقلان نمی رسند.
امام کاظم(ع) نیز می فرماید: این هشام، خداوند بر مردم دو حجت دارد: حجت ظاهری و حجت باطنی. حجت ظاهری فرستادگان، پیامبران و امامان(ع) هستند و حجت باطنی عقل های مردم است.
و در ادامه می فرماید: ای هشام، امیرالمومنین(ع) می فرمود: خداوند به چیزی برتر از عقل عبادت نشده است.
بر اساس این روایات از نظر پیامبر(ص) و اهل بیت(ع) عقل، رکن اساسی دین و دینداری است، به گونه‌ای که شرط لازم نبوت استکمال عقل نبوی و برتری عقل او بر دیگران است و عبادات و اعمال و رفتار عاقل بر عبادات و اعمال جاهل برتری دارد.
تعقل و تفکر رکن دینداری به صورت کلی است و با توجه به اینکه آموزه‌های اخلاقی اسلام بخشی از اسلام است، می توان گفت برخورداری از عقل و فهم رکن اصلی تخلق به اخلاق اسلامی نیز هست.
هدف تربیت اخلاقی در سیره معصومان(ع) پرورش توانایی تشخیص وظیفه اخلاقی و پرورش توانایی عمل به آن است. پرورش توانایی تشخیص وظیفه اخلاقی بدین معنی است که متربی از چنان آگاهی و توانایی عقلانی برخوردار گردد که بتواند بدون تقلید از دیگران، خوب را از بد و زشت را از زیبا تشخیص دهد.
توانایی تشخیص وظیفه اخلاقی بدین معنا نیست که فرد بتواند تنها با اتکا به عقل خود و بدون کمک گرفتن از وحی الهی، رفتارهای خوب و بد و خیر و شر را تمیز دهد. بلکه بدین معناست که خود متربی بتواند با اتکا به عقل و وحی الهی خیر را از شر و خوب را از بد تمیز دهد.
از نظر معصومان عقل انسان در بسیاری از موارد نمی تواند خیر را از شر و خوب را از بد تشخیص دهد و حکم قطعی صادر کند و به همین سبب همیشه برای پیدا کردن راه صحیح زندگی نیازمند وحی و راهنمایی‌های الهی است.
بنابراین بر پایه سیره معصومان(ع) عقل انسان ضعیف تر از آن است که به تنهایی بتواند همه رفتارهای خوب و بد را درک و آنها را از یکدیگر تمیز دهد و به همین سبب بشر چاره‌ای جز توسل و تمسک به هدایت الهی ندارد و در مواردی که در حکم الهی یک رفتار شک دارد، لازم است احتیاط کند تا در دام معصیت الهی و گمراهی گرفتار نشود.