امام علی(ع) در خطبه پنجاه نهج البلاغه می فرماید: «همواره آغاز پيدايش فتنه ها، پيروى از هوسهاى آلوده و احكام و قوانين مجعول و اختراعى است، احكامى كه با كتاب خدا مخالفت دارد و جمعى برخلاف آئين حق به حمايت از آن بر مى خيزند. اگر باطل از حق كاملا جدا مى گرديد بر آنان كه پى جوى حقيقتند پوشيده نمى ماند و چنانچه حق از باطل خالص مى شد، زبان معاندان از آن قطع مى گرديد، ولى قسمتى از حق و قسمتى از باطل را مى گيرند و به هم مى آميزند. اينجاست كه شيطان بر دوستان خود چيره مى شود و تنها آنان كه مورد رحمت خدا بوده اند نجات مى يابند.»
در این خطبه امام علی(ع) علت فتنه ها را دو چیز می داند:
1 - تبعیت هوای نفس: اولین عامل فتنه، تبعیت از هوای نفس یا شیطان درون است. این شیطان می کوشد تا به گوهر جان آدمی دستبرد زند و سرمایه های گرانبهایش را به نابودی کشد. او انسان را با آرزوهایش سرگرم می کند، تا از مقصد اصلی بازماند. او می خواهد یاد خدا را از صفحه دل و زندگی آدمی به کلی پاک کند. پیروی از هوای نفس، شیطان را بر جان مسلط می کند و تا از انسان لاشه ای انسان نما باقی نگذارد، از پای نمی نشیند. نفس اماره با داشتن خواهشهای بی پایان، زینت آرایی گناه و هموار کردن و آسان نمایی جرمهای سنگین، در به خطر انداختن انسان ید طولایی دارد و اگر یکه تاز صحنه جان شود، عقل را به اسارت می گیرد. امام سجاد(ع) می فرماید: «کم من عقل اسیر تحت هوی امیر» خدایا! از نفس سرکشی به تو شکوه می کنم که بسیار به بدیها فرمان می دهد و در خطاها می شتابد.
مادر بتها، بت نفس شماست زان که آن بتها، مار و این بت، اژدهاست. حضرت علی(ع) فرمود: هوای نفس، فرمانده سپاه شیطان است. نمونه ای از همکاری نفس با شیطان، در جنگ نهروان ظهور پیدا کرد. امام(ع) بر بالای جنازه کشتگان نهروان فرمود: بدا به حال شما! آنکه شما را فریب داد، زیانتان رساند. به آن حضرت عرض کردند: ای امیرمؤمنان(ع)! چه کسی آنان را فریب داد؟ فرمود: شیطان گمراه کننده و نفسهای فرمان دهنده به بدی آنان را فریفته آرزوها ساخت و راه را برای نافرمانی بپرداخت. به پیروز کردنشان وعده کرد و به آتش شان درآورد.
هرچه انسان نفس را خوار و خواهش هایش را لگدکوب کند، شیطان را خوار و پایمال کرده است. امام(ع) می فرماید: باخواسته های نفس مخالفت کنید، تا بر شیطان چیره شوید. کسب همه کمالها در گرو مبارزه با نفس سرکش است. شخصی به حضرت محمد(ص) عرض کرد: ای رسول خدا! راه رسیدن به معرفت حق چیست؟ آن حضرت فرمود: شناخت خویش. او گفت: راه موافقت حق چگونه است؟ آن حضرت فرمود: مخالفت نفس. او پرسید: راه رسیدن به خشنودی حق چیست؟ آن حضرت فرمود: خشم بر نفس. او سؤال کرد: راه رسیدن به وصل حق چیست؟ پیامبر(ص) فرمود: بریدن از نفس. او پرسید: راه نزدیکی به خدا چیست؟ آن حضرت فرمود: دوری از نفس. او گفت: چگونه می توان به همه اینها رسید؟ آن حضرت فرمود: کمک خواستن از خدا علیه نفس. البته نباید فراموش کرد که گاهی انسان خیال می کند نفس سرکش را رام کرده و یاکشته است، اما در واقع: نفس اژدرهاست او کی مرده است/ از غم بی آلتی افسرده است* گر بیابد آلت فرعون او/ که به امر او همی رفت آب جو* آنگه او بنیاد فرعونی کند/ راه صد موسی و صدهارون زند.
2 - بدعت گذاری در دین: در تعریف بدعت گفته اند: «ادخال مالیس من الدین فی الدین: داخل کردن چیزی که از دین نیست، در دین.» احادیث زیادی در مذمت بدعت و بدعتگذاری وارد شده است. پیامبر اکرم(ص) فرمود: هرگونه بدعتی، گمراهی است و هر گمراهی، در جهنم است. امام علی(ع) فرمود: اهل بدعت کسانی هستند که با رأی و هوای خود با خدا و رسولش مخالفت می کنند. پیامبر(ص) فرمود: کسی که به بدعتگذاری روی خوش نشان دهد، در از بین بردن دین کمک کرده است. نیز فرمود: اگر بعد از من، اهل بدعت و شبهه افکنان در دین را دیدید، از آنها بیزاری بجویید و آنان را سب و لعن کنید تاجرات نکنند دین شما را فاسد کنند و در مورد وظیفه علما در مقابله با بدعتگذاری، فرمود: هنگامی که بدعتها در امت من ظاهر شد، بر عالمان واجب است علمشان را اظهار کنند و اگر کسی چنین نکند، لعنت خدا بر او باد! چگونه بدعت در جامعه شکل می گیرد و به صورت سنت در می آید؟
حضرت علی(ع) فرمود: «هیچگاه باطل با چهره باطل خویش عرضه نمی شود، بلکه لباس حق را بر آن می پوشانند و سپس به مردم عرضه می کنند.» مثلا در جنگ صفین، خیانت به اسم قرآن بر مردم تحمیل شد و حکومت دیکتاتوری معاویه بنام اراده خداوند بر گردن مردم مستقر شد. در طول تاریخ نمونه های زیادی از ارائه باطل در قالب حق صورت گرفته است که آن حضرت با تعبیر: «کلمة حق یراد بها الباطل» سعی در روشنگری مردم داشته است.
در زمان حاضر نیز به همین صورت خیلی از بدعتها و باطلها به اسم دین در جامعه رسوخ پیدا کرده است. به اسم روشنگری، به گمراهی مردم می پردازند. بنام آزادی، بی بند و باری در جامعه رونق می گیرد. بنام خشونت، حق طلبی ها و فریاد دین خواهی بایکوت می شود. به عنوان اینکه اسلام با نوای خوش و صوت حسن مخالفتی ندارد، انواع موسیقی های مستهجن رواج می یابد. در زیر چتر ملیت، مردم به جاهلیت قبل از اسلام باز گردانده می شوند.
بدعتها به وسیله هوی و هوس و خودپرستی افراد ظهور پیدا می کند و پس از ظهور بدعت، نوبت به ظهور فتنه و آشوب می رسد؛ زیرا طبیعی است که بدعتها هر اندازه هم ماهرانه و عوام فریبانه به اجتماع عرضه شوند، با متن دین ناهماهنگ و ناسازگار است.
امیرالمؤمنین(ع) در دوران 25 ساله خانه نشینی به طور علنی با انحراف فکری و یا اشتباهات مختلفی که اتفاق می افتاد، مبارزه کرد و به طور صریح موارد آن را به خلفا تذکر داد و در اجرای برنامه های اسلامی و عدم تخطی از آئین محمدی(ص) به آنان هشدار داد. امام(ع) بارها اظهار داشتند که بدعتگذاران می خواهند مسیر دین را عوض کنند و سنت پیامبر(ص) را تغییر دهند. وقتی به عنوان پیش شرط خلافت، عمل به سنت شیخین به او پیشنهاد شد، فرمود: «من بر اساس دین و سنت نبوی با شما رفتار خواهم کرد.» امام پس از تعریف خط و مسیر خلیفه دوم می فرماید: «عمر، خودش از دنیا رفت ولی مردم را در راه های پر پیچ و خم زیادی رها ساخت، به طوری که اشخاص گمراه و جاهل راه اصلی را پیدا نکردند و افراد سالم نیز به شک افتادند و بر یقین و باور نماندند.»
ابن ابی الحدید در مورد علت مخالفت مردم با عدالت امیرالمؤمنین(ع) می گوید: «چون نوبت به خلافت عمر رسید، تبعیض نژادی را حاکم ساخت و یکی را بر دیگری ترجیح داد و عثمان هم از شیوه عمر پیروی کرد و مدت زیادی (23 سال) مردم با آن شیوه انس گرفتند، لذا چون علی(ع) به خلافت رسید، براساس شیوه پیامبر خدا(ص) حرکت کرد، ولی مردم با وی مخالفت کردند.»