در نظر ملاصدرا، عرفان و فلسفه و دین، عناصر مجموعه ای هماهنگ است. لذا ملاصدرا می کوشد تا این هماهنگی را هم در زندگی خود و هم آثارش باز نمایاند. وی دیدگاهی را اتخاذ می کند که در آن ، بین برهان عقلی یا فلسفه و نیز قرآن و احادیث پیامبر(ص) و ائمه(ع)، پیوندی تنگاتنگ برقرار کند. این دو نیز به نوبه خود با آرای عرفانی که حاصل کشف و شهود و اشراقات نفوس پاک است، متحد می شود.
بدون شک، ملاصدرا مکتبی نو را پایه گذاری کرد. مهم ترین ویژگی مکتب وی، روش نوینی است که برای اندیشه فلسفی اتخاذ کرد. روشی که با آن، مسیر فلسفه دگرگون شده و فلسفه های گذشته بازسازی و اصلاح شد و از تنگناهایی که توان رهایی از آن ها را نداشت، رهایی یافت.
آیت الله حسن زاده آملی در وصف ملاصدرا می گوید: «صدرالمتألهین در زمره افراد قلیلی است که جامع بین علوم متفکرین و علوم مکاشفین بوده است. بین ذوق و وجدان که مشایخ اهل عرفان بدان مرزوق اند و بین بحث و برهان که برهانیون بدان متنعم اند، جمع کرده است».
یکی از ویژگی های ملاصدرا آن است که اصول فلسفه کهن اشراقی، مانند«اصالت نور» و «تجرد مثال» و «اتحاد عاقل و معقول» را با نبوغ خود، فیلسوفانه بررسی کرده و برای آن ها برهان هایی منطقی و استوار آورده و در فلسفه اسلامی جای داده است.
از بین دیدگاه های معرفتی ملاصدرا، می توان به اعتبار «روش عقلی و شهودی» به عنوان دو چشم بینای خرد و دو ابزار لازم برای فلسفه اشاره کرد. وی معتقد است اشراق بدون برهان و عقل و برهان بدون اشراق راه به جایی نمی برد.
ملاصدرا برای عقل و وحی نیز پایگاهی استوار ساخت. بدین گونه که اثبات کرد فقط میان وحی و آموزه های پیامبران با حقایق عقلی که حکما با عقل و استدلال به آن می رسند، سازگاری برقرار است.
در بینش و مکتب صدرایی، عقل و وحی هر دو از یک منبع سرچشمه گرفته و آن منبع، همان روح القدس یا عقل فعال است. بنابراین باید همواره مؤید یکدیگرباشند. بدین ترتیب وی از حکمت های پیشین، یعنی«مشاء» که بر شناخت مبتنی بر برهان عقلی پافشاری می کرد و «اشراق» که اولویت را به شناخت مبتنی بر شهود می داد، انتقاد کرد و حکمت را با مجهز کردن آن به وحی، تعالی بخشید و «حکمت متعالیه» را بنیان گذاشت.
بنابراین، در جهان اسلام، نمونه بارز رابطه میان تعالیم دینی و فلسفه را می توان در اندیشه ملاصدرا یافت. وی با تکیه بر اندیشه ها و آرای پیشینیان، به تعبیر و تفسیر معتقدات اساسی اسلام در باب خداوند و انسان و جهان می پردازد. ملاصدرا با مطالعه فلسفه، به این اعتقاد می رسد که فلسفه، چون با حقایقی ترکیب می شود که از طریق وحی به انبیا رسیده، عالی ترین تعبیری که می توان از حقیقت به دست داد.
با وجود این واقعیت که اندیشه صدرالمتألهین یا آرای جکمت فلسفی او با سنت دینی اش برهم اثر می گذارد، هریک، سیمای مشخصی دارد که آن ها را از هم جدا می سازد. ملاصدرا عقیده دارد تا زمانی که عقل با نور شرع منوّر نشود، در مسائل مربوط به علم الهی و حقایق وابسته به مبدأ و معاد به صاحب قوه در مرتبه اعلایی از ادراک قرار گرفته باشد.
ملاصدرا محور بخث های فلسفی خود و اساس همه معارف را یک اصل می داند و آن، «شناخت حقیقت وجود» است بر این اساس، حکمت متعالیه مبانی فلسفی استواری داشته و دیدگاه هایی ویژه خود را دارد.