امام علی(ع) پس از آنكه فرمان حكومت مصر را به محمد بن ابوبكر بخشيد و او در صحنه مبارزه با دشمن مغلوب و كشته شد، فرمود: من مى خواستم «هاشم ابن عتبه» را زمامدار مصر كنم، اگر وى را براى آن سامان انتخاب كرده بودم ميدان را براى آنها خالى نمى گذارد و به آنها فرصت نمى داد. ولى نه اينكه بخواهم از محمد پسر ابوبكر، مذمت كنم، چه اينكه او مورد علاقه و محبت من بود و در دامنم پرورش يافته بود.
هاشم بن عتبه بن ابی وقاص ملقب به «مرقال» از شجاعان مشهور عرب بود. مرقال یعنی کسی که می‌دود و چون او در کارزار به سوی دشمن می‌شتافت، به این لقب مشهور شد. وی در روز فتح مکه به اسلام گروید و از اصحاب رسول خدا(ص) شد. در جنگ با ایرانیان در کنار عمویش سعد بن ابی وقاص جنگید و درخشید. پس از کشته شدن عثمان، ابوموسی اشعری در کوفه در بیعت با امام علی(ع) تعلل ورزید. هاشم بن عتبه خطاب به مردم گفت: ای مردم، دست راست من به منزله دست علی است و دست چپ من به جای خودم. من با علی بیعت کردم و با دست چپ دست راستش را گرفت. ابوموسی که در موضع انفعال قرار گرفته بود، بلافاصله با او بیعت کرد و سران کوفه و دیگران نیز به دنبال ابوموسی بیعت کردند. او در این باره گفت: من با این بیعت یقین دارم که خدا و رسولش را شاد می‌کنم.
هاشم بن عتبه از امیران لشکر امیرالمؤمنین(ع) در جنگ صفین بود که حملات جانانه‌ای به لشگر معاویه داشت و در یکی از این حمله‌ها به درجه رفیع شهادت نائل شد.
"محمد بن ابوبكر" در 25 ذیقعده سال 10 هجری، زمانی كه پیامبر اسلام(ص)، قصد انجام آخرین حج زندگی خویش را داشتند، متولد شد و "عایشه"، خواهر وی كنیه او را "اباالقاسم" گذاشت. "اسماء بنت عمیس"، مادر محمد بن ابوبكر، از زنان پاك روزگار خود بود. این بانو، نخست، همسر "جعفر بن ابی‌طالب" بود. پس از شهادت جعفر در جنگ موته، به عقد "ابوبكر بن ابی قحافه" درآمد. حاصل این ازدواج، محمدبن ابوبكر بود. اسماء بعد از مرگ ابوبكر، به عقد حضرت علی(ع) درآمد كه حاصل این ازدواج "یحیی بن علی بن ابی‌طالب" بود.
محمد بن ابوبكر، از همان سنین كودكی، با حضرت علی(ع) آشنا شد، بعد از مرگ ابوبكر، و ازدواج اسماء با حضرت علی(ع)، محمد در خانه آن حضرت پرورش یافت و از نزدیك با شیوه زندگی امام علی(ع) و سیره آن حضرت آشنا شد، و این باعث شد كه محمد علاقه وافری به حضرت پیدا كند، حضرت علی(ع) نیز متقابلاً محمد را دوست می‌داشت و می‌فرمود: «محمد از صلب ابوبكر و فرزند من است.» محمد كم‌كم در خانه امیرالمؤمنین رشد كرد و معارف دین را بی‌واسطه از آن حضرت فرا می‌گرفت و از مردان بزرگ روزگار خود به حساب می‌آمد.
یكی از مهم‌ترین حوادث دوران زندگی محمد بن ابوبكر، واقعه "یوم‌الدار" یا همان جریان كشته شدن عثمان است كه روایات ضد و نقیضی در این باره نقل شده است. در كتاب "استیعاب ابن عبد البر اندلسی"، چندین روایت آمده كه محمد بن ابوبكر را به عنوان قاتل عثمان معرفی میکند، ولی نویسنده استیعاب، در پایان با عنوان صحیح‌ترین روایت، این روایت را آورده كه: «اسد بن موسی از محمد بن طلحه روایت می‌كند: در كتاب "البدایة و النهایه" آورده كه محمد بن ابوبكر، عثمان را نكشته، بلكه از كسانی بوده كه فقط وارد خانه عثمان شد، بلكه عثمان را مورد عتاب قرار داده كه چرا دین خدا را منحرف كردی و سنت رسول خدا(ص) را نابود كردی، ولی پس از مشاجراتی كه بین آن دو صورت گرفت، بیرون رفت و عده‌ای از اهل مصر عثمان را كشتند.
شخصی به اسم كنانه گفت: من در یوم‌الدار، در زمان كشته شدن عثمان حضور داشتم و شهادت می‌دهم كه محمدبن ابی‌بكر، عثمان را نكشت، بلكه وارد خانه عثمان شد و عثمان به او گفت: «لَسْتُ بصاحبی: من بزرگ‌تر تو نبودم» و با محمد صحبت كرد، بعد از آن محمد از پیش عثمان بیرون آمد، بدون این كه به عثمان آسیب برساند، محمد به طلحه گفت: پس چه كسی او را كشت؟ گفت: مردی از اهل مصر كه به او "حیلة بن الأیهم" گفته می‌شود.»
وقتی حضرت علی(ع) محاصره خانه عثمان را دید، به امام حسن و امام حسین(ع) فرمودند: كه خانه عثمان را مورد محافظت قرار دهند، همچنین طلحه و زبیر با دیدن این جریان، فرزندان خود را به این كار گماردند. در این اثنا مردم كه به ستوه آمده بودند، حمله كردند و به سوی خانه عثمان یورش بردند و قصد از بین بردن او را داشتند، در این حین، سر مبارك امام حسن (ع) شكسته شد، به طوری كه خون بر سر و صورت حضرت جاری شد و وضع بدی پیدا كرد، عده‌ای از مصریان به همراه محمدبن ابی‌بكر، از پشت خانه عثمان وارد شدند و كسی متوجه آنها نشد و البته این جای سؤال است كه چطور مردان و غلامان عثمان، متوجه ورود آنها نشدند؟
به هر صورت، عثمان به چنگ مصریان افتاد، محمد بن ابوبكر، عثمان را گرفت و به زمین زد و از او پرسید، چرا معاویه به كمك تو نیامد؟ چرا اطرافیانت، تو را یاری نكردند؟ چرا دین خدا را منحرف كردی؟ عثمان به محمد گفت: اگر پدر تو، مرا در این حالت می‌دید، بر من می‌گریست. محمد با این سخن، عثمان را رها كرد و از خانه عثمان، بیرون آمد، ولی عده‌ای از مصریان بیرون نیامدند و عثمان را كشتند، كه قاتل عثمان، مردی از مصریان، به نام "سودان بن حمران مرادی" بود.
به دستور حضرت علی(ع)، محمد بن ابوبكر بعد از عزل "قیس بن سعد"، در سال 36 هجری، به جای او به ولایت مصر منصوب شد. محمد وقتی وارد مصر شد در میان مردم حاضر شد و نامه علی(ع) را برای آنان قرائت كرد. حضرت در آن نامه فرمودند: «ای محمد، تقوا پیشه كن و از خداوند اطاعت نما و در نهان و آشكار، از خداوند بترس و ظاهر و باطن خود را یكی كن...»
محمد بن ابوبكر، یك ماه در مصر توقف كرد و بعد برای كسانی كه از بیعت با علی(ع)، خودداری كرده بودند، نامه فرستاد كه یا بیایید و بیعت كنید و یا از شهر ما خارج شوید. اما این گروه از بیعت امتناع كردند و از وی خواستند كه به آنان مهلت بدهد، ولی محمد بن ابوبكر، پیشنهاد آنان را قبول نكرد. در همین اثنا جریان جنگ صفین پیش آمد، این گروه متمرد وقتی شنیدند كه جریان جنگ صفین، به پایان رسید و شامیان به شام و عراقیان به عراق برگشتند، بر محمد بن ابوبكر شورش بردند، اما شورش‌های آنان با شكست مواجه شد، در این میان شخصی به نام "معاویة بن خدیج" به خونخواهی عثمان، قیام كرد.
حضرت علی(عم) در نامه‌ای دیگر برای محمد بن ابی بكر و مردم مصر نوشت و به آنان این چنین فرمود: «ای مردم، شما را به تقوا وصیت می‌كنم و از انجام اعمالی كه فردا از آن مورد سؤال قرار خواهید گرفت كوتاهی نكنید، شما در گرو اعمال خود هستید و با آنها حركت می‌كنید و روزی به آنها خواهید رسید...: ای بندگان خدا از مرگ بترسید و اسباب و وسائل و زاد و توشه برای آن تهیه نمایید، مرگ شما را، به جاهای سختی می‌كشاند و حوادث بزرگی در پی دارد... .» حضرت علی(ع) وقتی از حوادث مصر آگاه شد، مالك اشتر را برای آرام كردن اوضاع مصر به آن منطقه فرستاد. در این میان معاویه با دسیسه‌ای مالك را در منطقه "قلزم مصر" مسموم و به شهادت رساند. مصر برای معاویه اهمیت زیادی داشت، لذا معاویه از هر ابزاری استفاده می‌كرد تا مصر را تصرف كند. معاویه به كمك عمر و عاص و عده‌ای از بزرگان قریش طرحی ریختند كه با استفاده از آن اوضاع داخلی مصر را ناآرام كرده تا بتواند از بیرون با حمله‌ای سریع و پرقدرت مصر را بگیرد.
معاویه گفت: برای موافقین و مخالفین خود نامه می‌نویسم، پیروان خود را به پایداری فرمان دهیم و آنها را منتظر ورودمان به مصر سازیم و دشمن خود را به صلح و سازش دعوت كرده و آنان را از نبرد خود بترسانیم، اگر آنچه می‌خواهیم، یعنی تصرف مصر، بدون نبرد انجام گیرد، این همان چیزی است كه ما دوست داریم وگرنه جنگ با آنان را در پیش می‌گیریم. عمروعاص گفت: هر چه خواهی عمل كن اما عاقبت كار جنگ است و نهایتاً همین شد. معاویه لشكری به رهبری عمروعاص به جنگ محمدبن ابی‌بكر فرستاد كه در این نبرد عمروعاص با كمك نیروهای داخل مصر، محمد را محاصره كرد و بعد "معاویة بن خدیج" او را دستگیر كرده و او را گردن زد و بدن مباركش را در شكم یك الاغ مرده گذاشت و سوزاند.
محمد بن ابوبكر این یار مخلص امام علی(ع)، تنها در جنگ جمل توانست به یاری مولا و امام خویش بشتابد و نهایتاً توسط دشمن خود معاویه به شهادت رسید و دعوت حق را لبیك گفت و در بیست و هشتمین بهار زندگی خود در سال 38 هجری به دیدار معبود شتافت.
هنگامی كه خبر شهادت محمد بن ابوبكر را به حضرت علی(ع) رساندند، حضرت به شدت محزون و بیتاب گشتند. وقتی فردی در آن میان، از علت بی‌تابی ایشان پرسید، حضرت فرمودند: چرا از مرگ او اندوهگین نباشم، او تربیت شده من بود و در خانه‌ام رشد یافت، او برای فرزندانم، برادر به حساب می‌آمد. من پدر او بودم و او را فرزند خود می‌دانستم.