به گزارش گروه دين و انديشه "مهر" لوقا باباوي هدف خود از تنظيم اين پايان‌نامه را بررسي مسائل حقوقي و ساير امور مربوط به آن براي اقليت مسيحيان در جامعه اسلامي مي داند و معتقد است كه جو نامناسب حاكم در جهان مسيحيت مبني فقدان حقوق لازم و مناسب براي مسيحيان در جوامع اسلامي مي بايست از منظرهاي متفاوت مورد بررسي و تحقيق قرار گيرند.
وي همچنين هدف ديگر خود را در نگارش و تحقيق در اين مورد به واسطه وقوع حوادث تأسف بار 11 سپتامبر2001 ميلادي در آمريكا و سختگيري‌هاي بسيار شديد از جانب دولتهاي غير اسلامي بر بسياري از فعاليتهاي مسلمانان در كشورهاي اسلامي و مانع شدن از ابتداي ترين حقوق آنها در اجتماع و ناميدن بسياري از فعاليتهاي مسلمانان به عنوان فعاليتهاي تروريستي، وضعيت حقوقي و وظايف مسيحيان در جوامع اسلامي مي داند.
به گزارش رايزني فرهنگي ايران در دوحه؛ دكتر محمود حمدي زقزوق وزير اوقاف مصر و دكتر علي جمعه مفتي مصر رياست ارزيابي پايان نامه "حقوق و وظايف مسيحيان در دولت اسلامي و تأثير آن بر امنيت ملي" را برعهده داشتند.
در بخشي از اين پايان‌نامه آمده است كه اسلام آزادي عقيده براي غير مسلمانان در جوامع اسلامي را با مقرر نمودن حقوق جزيه در اسلام براي غير مسلمانان كه در سايه حكومت اسلامي زندگي مي كنند فراهم نموده است.
دكتر نبيل لوقا باباوي در رساله پايان‌نامه دكتراي خود شش فصل مجزا را براي ارائه يك نگاه تحقيقي به حقوق و وظايف مسيحيان در دولت اسلامي در نظر گرفته است. در فصل اول موضوع فراهم آوردن شرايط از جانب دولت اسلامي براي زندگي غير مسلمانان از جمله مسيحيان در جامعه بحث شده است. در فصل دوم با استفاده از آيات و روايات سنت نبوي در خصوص آزادي عقيده براي غير مسلمين در حكومت اسلامي و زندگي مسالمت آميز آنها در جامعه و آزاد بودن براي انجام وظايف و عبادات بحث شده است.
در فصل سوم از اين پايان نامه به مطالعه درباره حقوق و وظايف وضع شده از جانب دولت اسلامي براي غير مسلمانان كه در سايه حكومت اسلامي زندگي مي كنند صورت پذيرفته است. از جمله مهمترين مسائلي كه در اين بخش مطرح شده لزوم امنيت اجتماعي و احترام كامل به حقوق انساني آنها از جمله مال و ناموس و آبروي آنهاست كه در سايه حكومت اسلامي براي غير مسلمانان فراهم شده و اين روّيه از صدر اسلام براي غير مسلمين وضع شده است. در فصل چهارم كليه حقوق مادي وضع شده براي غير مسلمين كه در سايه حكومت اسلامي زندگي مي كنند و از جانب دولت اسلامي محترم شمرده مي شود يكايك برشمرده شده است. در فصل پنجم وظايف غير مسلمانان كه با آرامش و امنيت در سايه حكومت اسلامي زندگي مي كنند از ديدگاه واضع قوانين شريعت اسلامي براي آنها استقصاء شده است.
هنچنين در فصل ششم و پاياني اين رساله دكتري به رعايت متقابل حقوق و وظايف غير مسلمانان كه در سايه حكومت اسلامي زندگي مي كنند و همچنين مسلمانان در قبال غير مسلمين كه در جامعه با آنها زندگي مي‌كنند اشاره شده است.