موضوع تولیت بیمه‌های درمانی و مدیریت آنها از دیرباز محل اختلاف بین دستگاهای اجرائی به‌ویژه وزارت بهداری (بهداشت) و وزارت کار (تعاون، کار و رفاه اجتماعی) بوده است.

روزنامه شرق نوشت: موضوع تولیت بیمه‌های درمانی و مدیریت آنها از دیرباز محل اختلاف بین دستگاهای اجرائی به‌ویژه وزارت بهداری (بهداشت) و وزارت کار (تعاون، کار و رفاه اجتماعی) بوده است.
این اختلاف در دولت یازدهم نیز نمود داشته است. درحالی‌که وزارت بهداشت خواستار تجمیع و واگذاری تولیت بیمه‌های درمانی به این وزارتخانه بوده است، منتقدان جدی این انتقال با استدلال‌هایی نظیر «ادغام بیمه‌ها در وزارت بهداشت یک خطای بزرگ سیاستی است که به بحران پردامنه می‌انجامد» یا «رفتن بیمه‌ها و شورای‌عالی بیمه درمان به وزارت بهداشت اقدامی مشابه با انحلال سازمان مدیریت است» و همچنین «نظارت، اجرا و تأمین مالی در کلیه بخش‌ها ازجمله بخش سلامت، نمی‌تواند در دستان یک گروه یا یک سازمان باشد» به‌شدت با رفتن بیمه‌ها به وزارت بهداشت مخالفت کرده‌اند.
در شرایطی که بررسی برنامه ششم توسعه در صحن علنی مجلس آغاز شده و از آنجا که این احتمال وجود دارد که موضوع تجمیع بیمه‌ها در صحن مطرح شود (با وجود اینکه در لایحه دولت و همین‌طور در مصوبه کمیسیون تلفیق اشاره‌ای به رفتن بیمه‌ها به وزارت بهداشت نشده است) ضروری است هم نمایندگان محترم و هم کارشناسان و صاحب‌نظران، دقیق و موشکافانه ابعاد مختلف این مسئله را بررسی کنند و به‌ویژه نگاهی تاریخی به سیر اتفاقات و رفت‌وآمدهای بیمه‌های درمانی بین دستگاه‌های اجرائی در چند دهه گذشته داشته باشند. درتاریخ پنجشنبه ١٠ تیرماه ١٣٥٥ مجلس‏ شورای ملی‏ گزارش یک‌فوریتی کمیسیون امور استخدام و سازمان‌های اداری راجع به تشکیل وزارت بهداری و بهزیستی را بررسی و تصویب کرد؛ البته ١٠ روز پیش از آن کمیسیون امور استخدام و سازمان‌های اداری در جلسه روز سه‌شنبه اول تیرماه ١٣٥٥ لایحه شماره ٢٠٠٣٨ مورخ ١٧/٣/٢٥٣٥ دولت تقدیمی به مجلس سنا مربوط به تشکیل وزارت تندرستی و رفاه اجتماعی را با قید یک فوریت وصول و فوریت آن را در همان جلسه به تصویب رسانده بود.
در این جلسه وزیر مشاور و سرپرست وزارتخانه‌های بهداری و رفاه اجتماعی در دفاع از تشکیل وزارت بهداری و رفاه اجتماعی اظهار می‌دارد: «در گذشته به علل مختلف قسمتی از مسئولیت درمان از وظایف بیمه‌ها بود که داده شده بود به وزارت رفاه قسمتی راجع به توان‌بخشی، معتادان، بعضی مسئولیت‌های دیگر و پس از تشکیل وزارت رفاه که خودش به صورت کلی و به صورت اعم مسئولیت کلی را دارا بود طوری تلقی شد که نمی‌شود مسئله درمان را از بهداشت جدا نگه داشت؛ این است که این دو وزارتخانه در هم ادغام شد». پس از این اظهارات ١٧ نماینده مجلس شورای ملی در دفاع از لایحه صحبت کردند و با رأی موافق همه ١٧٧ نماینده حاضر لایحه به اتفاق آرا تصویب و برای تصویب مجدد به مجلس سنا فرستاده شد و به‌این‌وسیله با ادغام وزارت رفاه در وزارت بهداری تولی‌گری بیمه‌ها در اختیار وزارت بهداشت قرار گرفت. نکته مهمی‌ که دراین‌خصوص باید به آن توجه کرد این است که ٤٠ سال پیش هم که با تصمیم مجلس شورای ملی تولی‌گری بیمه‌ها در اختیار وزارت بهداشت قرار گرفت، این بیمه‌ها نبودند که به وزارت بهداشت رفتند.بلکه کل حوزه رفاهی و وزارت رفاه بود که در وزارت بهداری آن زمان ادغام شد. از سال ١٣٥٥ به‌این سو اعتبارات بیمه درمان تأمین اجتماعی در اختیار وزارت بهداشت درمان و آموزش پزشکی بوده که بعضا در مواردی غیر از محل خود هزینه می‌شده است.  همین امر موجب می‌شود که نمایندگان مجلس در موارد متعددی از طریق تبصره‌های بودجه سالانه، این وزارت را ملزم به ارائه گزارش درباره نحوه مصرف اعتبارات بیمه درمان تأمین اجتماعی کنند.
در سال ١٣٦٧ نمایندگان تبصره‌ای به بودجه افزودند که وزارت بهداشت را به ‌صورت کاملا مشخص ناگزیر به پرداخت پول تأمین خدمات درمانی مشمولین قانون تأمین اجتماعی کنند. اما این امر کافی نبود تا در نهایت در سال ١٣٦٨ در تبصره‌های بودجه با شفافیت نحوه مصرف این وجوه و پاسخ‌گویی وزارت بهداشت آورده شود. نکته جالب اینکه برخی نمایندگان مجلس آن زمان نیز به‌وضوح معترض عدم هزینه پول بیمه درمان در محل خود بوده‌اند. برای مثال حسین کمالی در اسفندماه سال ١٣٦٧ در نقد مدیریت وزارت بهداشت به بیمه‌ها می‌گوید: «در سطح بین‌الملل وقتی که فردی بیمه می‌شود پول می‌پردازد تا در مقابل پرداخت پولش درمان دریافت کند. در ایران متأسفانه این واژه‌ها را ما به ابتذال کشانده‌ایم؛ واژه بیمه در کشور ما به ابتذال کشیده شده! کسانی‌که نمی‌توانند تشخیص بدهند که مفهوم بیمه چیست و ارزش بیمه چیست، سکان‌دار این کشتی شده‌اند.
اظهار می‌دارند که ما می‌خواهیم وضع درمان کشور را درست بکنیم. وضعیت درمان کشور از آن چیزی که امروز هست بدتر نخواهد شد! من این را تضمین می‌دهم. دیگر بدتر از این مگر داریم؛ بالاتر از سیاهی رنگی هست؟». در آن زمان دکتر جزایری، معاون وزارت بهداشت و درمان و آموزش پزشکی، نیز بر این امر صحه می‌گذارد. ٢٨ سال پس از الحاق بیمه‌ها به وزارت بهداشت و با تصویب لایحه ساختار جامع رفاه اجتماعی کشور با بازگشت بیمه‌ها به وزارت رفاه عدم ارتباط قلمرو بیمه‌های درمان و تأمین اجتماعی با وزارت بهداشت درمان و آموزش پزشکی مورد تأکید قرار می‌گیرد.  نکته درخور توجه اینکه در آن زمان نیز وزارت بهداشت از جداشدن بیمه‌ها ناراضی بود. واقعیت این است که یک تهدید جدی برای نظام رفاهی نوپای کشور بخشی‌نگری و ازبین‌بردن یکپارچگی و انسجام این نظام است. براین‌اساس ضروری است درخصوص موضوع تجمیع بیمه‌ها همه ابعاد موضوع و سیر تاریخی تولی‌گری بیمه‌ها و تبعات آن بررسی شود تا به تعبیر یکی از اقتصاددانان کشور «تصمیمی اتخاذ نشود که فقط ساختارهای موجود را در مدت کوتاهی درهم بریزد و وضع موجود را به آشوب و درهم‌ریزی کارکردی گرفتار کند».