به گزارش خبرگزاری مهر به نقل از مرکز اسناد انقلاب اسلامی، آیت‌الله محمد صدوقی از روحانیون مبارزی بود که نقش فراوانی در روشنگری مردم یزد در دوران نهضت اسلامی داشت و از همان نخستین روزهای نهضت اسلامی به مبارزه با رژیم پهلوی پرداخت و از روحانیون مبارزی بود که در آستانه پیروزی انقلاب اسلامی فعالیت‌های مبارزاتی خود در یزد را وسعت بخشید و اوج اقدامات آیت‌الله صدوقی در دوران مبارزه، به سال‌های ۵۶ و ۵۷ باز می‌گردد.
در کتاب «انقلاب اسلامی در یزد» که توسط مرکز اسناد انقلاب اسلامی منتشر شده درباره فعالیت‌های مبارزاتی آیت‌الله صدوقی در یزد در سال‌های منتهی به پیروزی انقلاب اسلامی آمده است: نقش شهید آیت‌الله محمد صدوقی در مبارزات مردم یزد علیه رژیم پهلوی به خصوص در سال‌های ۵۶ و ۵۷ بی‌بدیل بود و محور اصلی مبارزات این شهر با رژیم پهلوی به حساب می‌آمد.
با رهبری آیت‌الله صدوقی شهر یزد به عنوان سومین شهر قیام کننده شناخته شد.
به دنبال شهادت حاج آقا مصطفی خمینی فرزند امام در آبان ۱۳۵۶، شهید صدوقی فصل جدیدی از مبارزات مردمی در یزد را ساماندهی کرد.
وی ضمن برپایی مجالس ترحیم باشکوه برای حاج آقا مصطفی در استان یزد، به سازمان دادن مبارزات در بخش وسیعی از کشور دست می‌زد.
امام خمینی نیز در ۸ آبان ۵۶ در واکنش به حمایت مردم یزد از نهضت اسلامی و برپایی مجالس ترحیم برای آیت‌الله سید مصطفی خمینی، طی پیامی از شهید صدوقی و مردم یزد تشکر کرد.
در این پیام آمده بود: «خدمت جناب مستطاب عمادالعلماء الاعلام و حجت‌الاسلام آقای صدوقی دامت افاضاته به عرض عالی می‌رساند از قرار معلوم جنابعالی در این حادثه تلگراف کرده اید و در یزد نیز مجلسی بوده است. لازم است از جنابعالی و سایر آقایان تشکر کنم و چون نمی‌دانم چه اشخاصی تلگراف کرده‌اند از تشکر تفصیلی معذور هستم. از خدای تعالی سلامت و سعادت جنابعالی و سایر آقایان محترم را خواستار و امید دعای خیر از همه دارم. والسلام علیکم و رحمه‌الله. مستدعی است به آقایان عرض تشکرم را ابلاغ فرمایید. روح‌الله الموسوی خمینی».
ساواک نیز طی گزارشی درباره این پیام امام گزارش داد: «اخیراً روح الله خمینی از عراق در نامه‌ای که به آدرس شیخ محمد صدوقی در یزد ارسال داشته، از وی و کلیه افرادی که در زمینه برگزاری مجلس ختم جهت فرزندش مصطفی خمینی اقدام نموده‌اند، تشکر کرده است.»
شهید صدوقی برای برانگیختن و تهییج و بسیج مردم یزد علیه حاکمیت پهلوی کوشش بسیار کرد و پس از پیروزی انقلاب اسلامی نیز جدیت فراوانی در تثبیت نظام جمهوری اسلامی در استان یزد به خرج داد.
یادآور می شود؛ در روز یازدهم تیرماه ۱۳۶۱ یکی از اعضای سازمان مجاهدین خلق، در عملیاتی انتحاری، پس از نماز به آیت الله صدوقی نزدیک شد و پس از دست دادن او را در آغوش گرفت. صدوقی و محافظین سعی کردند او را جدا کنند، اما قبل از آن نارنجک همراه فرد انتحاری منفجر شد. او و فرد مهاجم در دم شهیدشدند و بعد از آن نیز چهار نفر از بانوان بر اثر ازدحام جمعیت درگذشتند.