به گزارش خبرگزاری مهر، روح‌الله جلالی، فارغ التحصیل دکترای انقلاب اسلامی، یادداشتی به مناسبت رحلت آیت الله مصطفی خمینی پرداخته است:
اول آبان سال‌روز مرگ مشکوک آیت‌الله حاج سیدمصطفی خمینی فرزند ارشد امام‌خمینی است. همیشه از مناظر مختلفی درگذشت وی بررسی شده است.
مصطفی در سن پایین توان بالایی در فقه و فلسفه می‌یابد. هوش بسیار بالایی در برخورد و مواجهه اجتماعی و سیاسی دارد به نحوی که حتی در حلقه دشمنان سنتی امام در نجف قرار می‌گیرید و در مقابل حیرت برخی از یاران امام با آنها صمیمیت بسیاری پیدا می‌کند و در آینده بسیاری از آنان را به حلقه یاران و شاگردان امام می‌آورد.
داریوش فروهر مدتی را با وی در زندان قزل‌قلعه هم‌بند بود و همین همراهی کوتاه باعث شد وی هنگام شنیدن خبر درگذشت آقامصطفی در یک سخنرانی در تجلیل از وی اعلام کند: «ایشان با اینکه در سن جوانی بودند بسیار شخصیت گیرایی داشتند. [در زندان] با همه برخوردی بسیار جذب‌کننده داشتند. با اعتمادبه‌نفسی که ناشی از توکل بی‌چون و چرای ایشان به خداوند بود، هرگز در هنگام شنیدن خبرهای ناگوار بیرون نشانه‌ای از نگرانی در ایشان ندیدم. با هر زندانی صرف نظر از اعتقادی که داشت برخوردی بسیار صمیمانه داشتند».(اطلاعات، ۱آبان۵۹) توان وی به حدی بود که ارزیابی‌های ساواک، فقدان وی را ضربه سنگینی به پیکر نهضت امام‌خمینی در حد توقف آن تلقی می‌کرد.
آقامصطفی خود "آقا" بود و ذره‌ای خلق و خوی آقازاده‌ها را نداشت اما امام هم حتی در حد پرداخت شهریه بیشتر، اجازه آقازادگی به وی نداد، به نحوی که مجبور بود شهریه سایر علما را برای ادامه تحصیل و تدریس دریافت کند؛ جالب اینکه وقتی امام از این امر مطلع شد، شهریه وی را کاهش داد.
وی حتی در حد خرید یک دشداشه عربی برای خادم بیت امام اجازه دخالت نداشت و بعد از این کار، مسئول مربوط از سوی امام توبیخ شد که به مصطفی ارتباطی نداشت که اجازه دهد، با اینکه امام به مصطفی نه تنها به شدت علاقه داشت و حتی به همسر خود گفته بود که او را در همه جهات(مراتب علم و عرفان و اخلاق) بالاتر از خود می‌بیند، بلکه وی را «امید و آینده اسلام» می‌دانست.
امام پس از انقلاب هرگز اجازه برگزاری مراسم و یادبودی برای سیدمصطفی را حتی در حد یک اعلام رادیویی و تلویزیونی نداد و در پاسخ به شکوه همسر خود که با گریه گفته بود باز هم اول آبان شد و کسی از مصطفی من یاد نکرد پاسخ داده بود که در هر خانه‌ای از این مملکت، مردم عزیزی را در راه اسلام از دست داده‌اند و من نمی‌توانم برای فرزند خودم امتیازی قائل بشوم.
سیدمصطفی اول آبان ۵۶ به مرگ مشکوکی هنگام قرائت دعا بعد از نماز صبح درگذشت. روی بدن وی آثار لکه های بنفش بود. امام‌خمینی صلاح ندانست که وی کالبدشکافی شود چراکه معتقد بود این وسط چند بی‌گناه صدمه می‌بینند و این کارها مصطفی را زنده نمی‌کند. پس قتل وی هرگز اثبات نشد و از این رو امام هرگز از مرگ فرزندش به شهادت یا قتل سخنی نگفت.
اما اگر سیدمصطفی با این ویژگی‌های ممتاز زنده بود خیلی سخت می‌شد کسی را در کنار او به عنوان جایگزین امام مطرح کرد. همانگونه که اکبر محتشمی نقل می‌کند که از سال ۱۳۵۰ ش در میان یاران قم و نجف امام بحث بود که چه کسی می‌تواند با توان فقهی و سیاسی، زعامت نهضت و مرجعیت را پس از امام خمینی به عهده بگیرد که نتیجه آن مباحث به سیدمصطفی خمینی و آیت‌الله منتظری ختم می‌شد. طبیعتا آیت‌الله منتظری مبارز زندان‌رفته و برجسته‌ای بود که در فقاهت کم‌نظیر بود اما فاصله زیادی با مصطفی خمینی در کیاست سیاسی داشت.