آیت‌الله بهجت از همان اوایل سکونت در قم، هر روز به زیارت حضرت معصومه (س) می‌رفت و برای رفتن به زیارت، راه‌های پنهان و خلوت را انتخاب می‌کرد و از حاشیه خیابان نمی‌رفت. حتی برای پرهیز از روبه‌رو شدن با کسبه و عابرین، اگر مغازه‌ها باز بود و در خیابان‌ها رفت‌وآمد بود، راه را دورتر می‌کرد. از کوچه‌پس‌کوچه‌هایی که الان داخل شبستان حرم قرار گرفته است، می‌گذشت و از دری که در کوچه شش متری (خیابان موزه) قرار داشت و خیلی پرت و خلوت بود به حرم می‌رفت و از همان راه هم برمی‌گشت. فقط در اوقاتی که مغازه‌ها تعطیل و خیابان خلوت بود، از پیاده‌رو حرکت می‌کرد. ایشان حتی از اینکه صاحبان مغازه‌ها سلام و احترام کنند هم اجتناب می‌کرد.
ایشان خیلی بر این نکته اصرار داشت که نه‌تنها در حرم‌های ائمه، بلکه در حرم فاطمه معصومه (س) هم نباید صدا را بلند کرد. می‌فرمود: بسپرید که در حرم فریاد نزنند. صدا بلند نکنند. ملائکه در حال طواف هستند و از صدای بلند اذیت می‌شوند. مقصودشان همین فریادهایی بود که برخی بلند می‌کردند؛ مثلاً همین که برخی فریاد می‌کشند: «صلوات بلند ختم کن». می‌خواستند هر کسی در حال خودش باشد. می‌گفتند: برخی در همین‌جا متوجه می‌شوند که حاجاتشان برآورده می‌شود.