در پی رحلت فقیه مجاهد و پارسا آیت‌الله مشکینی، نهادها و ارگان‌های مختلف، هر یک به طور جداگانه، پیام‌‌های تسلیت صادر کردند.

به گزارش خبرگزاری مهر، ستاد کل نیروهای مسلح در بیانیه ای به همین مناسبت تاکید کرد : مرحوم آیت الله مشکینی که به فرموده مقام معظم رهبری ( مدظله العالی ) معلم اخلاص و پارسایی بود ، از شاگردان برجسته مکتب امام خمینی (ره) به شمار می آمد و منشاء خدمات بزرگی در حوزه های علمیه و عرصه های سیاسی کشور به ویژه اصلاح قانون اساسی و مجلس خبرگان رهبری بوده است ؛ آثار و تالیفات در زمینه های فقه ، اصول و حدیث ایشان در حال تدریس است و برای طلاب وجوانان همچنان پرتوافشانی می کند .

ستاد کل نیروهای مسلح ضمن عرض تسلیت به محضر مبارک مقام معظم رهبری حضرت آیت الله خامنه ای عزیز ، مراجع عظام و حوزه های علمیه و امت اسلامی و بازماندگان مکرم آن مرحوم ، از عموم مردم ، نیروهای مسلح و بسیجیان عزیز دعوت می کند در مراسم تشییع شرکت نمایند .

ارتش جمهوری اسلامی ایران نیز در بیانیه ای اظهار داشت : ارتحال تاسف بار مجاهد ، عارف ،عالم ربانی ، فقیه عالیقدر و یار امام راحل (ره) ریاست محترم مجلس خبرگان رهبری ، حضرت آیت الله علی مشکینی که همه عمر و لحظات پربرکت زندگی خویش را در راه تحقق اهداف عالیه اسلام ناب محمدی (ص) تبیین مکتب اهل بیت (ع) و اعتلای انقلاب اسلامی سپری نمود ، ضایعه ای بس تاسف انگیز و دردناک است .

ارتش جمهوری اسلامی ایران با تسلیت و تعزیت این مصیبت بزرگ به حضرت ولی عصر (عج) ، فرماندهی معظم کل قوا حضرت آیت الله خامنه ای فرماندهان و کارکنان نیروهای مسلح و کلیه آحاد ملت شهید پرور ایران اسلامی به ویژه خانواده مکرم و معزز آن فقیه عالی مقام ، علو درجات ایشان را از درگاه حضرت حق تعالی مسئلت می نماید .

همچنین فرمانده کل سپاه پاسداران انقلاب اسلامی در پیامی به آیت الله محمد محمدی ری شهری (داماد آیت الله مشکینی) آورد: خبر رحلت جانگداز عالم ربانی ، روحانی وارسته و جلیل القدر ، اسوه زهد و تقوی ، معلم بزرگ اخلاق  مرحوم حضرت آیت الله علی مشکینی واصل و موجب تالم خاطر گردید .

آن سالک واصل را همان بس که سراسر حیات طیبه اش را به پارسایی و تهذیب نفس ، خدمت به اسلام ، مسلمین و نظام مقدس جمهوری اسلامی و حوزه علمیه گذراند و پس از سالها مجاهدت بی وقفه علمی وعملی در راه صیانت از دین خدا ، عاقبت به عشق دیدار حضرت حق در ایام رجب المرجب و در روز وفات حضرت زینب (س) قفس تن بشکست و جهان سفلی را وانهاد و در عالم ملکوت کنار رجبیون سکنی گزید .طوبی له و حسن مآب .

خدایش آن یار و یاور صدیق ولایت  عاشق و دلداده به حق را در جنت قرب خویش محشور فرماید  .

اینجانب این مصیبت جانکاه را به رهبر معظم انقلاب اسلامی ، حضرت آیت الله العظمی خامنه ای ، مراجع بزرگوار ، حوزه های علمیه و به ویژه به جنابعالی و بیت شریف آن عزیز سفر کرده تسلیت عرض نموده ، از قادر متعال برای آن عارف بالله علو درجات عالیه و برای شما ، خانواده محترم و بستگان مصاب پاداش صابرین توام با عزت و سربلندی مسئلت می نمایم .