دکتر سید فتح الله مجتبایی آذر ماه 1306 در تهران ولادت یافت. مقدمات ادبیات و علوم رسمی را در فراهان فرا گرفت و تحصیلات متوسطه را در دبیرستانهای اراک به پایان رساند.
در سال 1332 از دانشکده ادبیات دانشگاه تهران و دانشسرای عالی درجه لیسانس گرفت و از آن سال تا 1338 در دبیرستانهای اراک و تهران و دانشسرای عالی به تدریس ادبیات و زبانهای خارجی اشتغال داشت. در 1339 از طرف وزارت فرهنگ برای آشنایی با روشهای جدید تألیف کتابهای درسی به خارج از کشور اعزام شد و پس از یک دوره مطالعه و تحقیق در این زمینه در آمریکا (دانشگاه کلمبیا، نیویورک) به کشور بازگشت و مأمور تهیه و تدوین کتابهای درسی در ادبیات برای دبیرستانها شد.
در 1341 به وابستگی فرهنگی ایران در پاکستان و مدیریت خانه‌های فرهنگی ایران در شهر لاهور منصوب شد، و تا سال 1344 در آنجا به خدمات فرهنگی و تحقیق در فرهنگ اسلامی ایرانی شبه قاره مشغول بود.
در پائیز 1344 به دعوت دانشگاه هاروارد به آمریکا سفر کرد و تا سال 1350 در آن دانشگاه به تحصیل در فرهنگ و تاریخ ادیان و زبانهای باستانی ایران و هند اشتغال داشت و به اخذ درجه فوق لیسانس در تاریخ تطبیقی ادیان و دکتری در تاریخ ادیان و فلسفه‌های ایران و هند نائل گردید و چون زمینه اصلی تحقیقات و تحصیلات او موضوعات مربوط به تاریخ و فرهنگ ایران و هند بود، در این مدت دوبار به کشور هند سفر کرد و برای آشنایی با روشهای سنتی تفسیر متون هندوئی و نیز مشاهده احوال و سازمانهای دینی زرتشتیان هند مدتی در بنارس و دهلی و بمبئی به مطالعه و بررسی پرداخت.
در 1350 به ایران بازگشت. مدتی در کالج دماوند به تدریس ادبیات فارسی و در گروه فلسفه دانشکده ادبیات دانشگاه تهران به تدریس حکمت شرق مشغول بود و سال بعد به دانشکده الهیات و معارف اسلامی انتقال یافت و در گروه ادیان و عرفان تطبیقی به خدمت پرداخت.
در 1353 به رایزنی فرهنگی ایران در هند مأمور شد و تا پائیز 1356 در آن کشور علاوه بر خدمات مربوط به مطالعه و تحقیق در روابط فکری و فرهنگی مسلمانان و هندوان در شبه قاره اشتغال داشت و در این زمینه تألیفاتی نیز به صورت کتاب و مقاله منتشر کرد.
پس از پایان مأموریت و بازگشت به کشور همچنان در دانشکده الهیات و معارف اسلامی به تدریس ادامه داد و چند دوره مدیریت گروه ادیان و عرفان آن دانشکده را برعهده داشت. اکنون نیز در همان گروه به تدریس تاریخ ادیان، روش‌شناسی و عرفان تطبیقی اشتغال دارد.
در طول دوران خدمات فرهنگی خود نزدیک به 200 عنوان کتاب، مقاله، شعر و نقد کتاب به صورت تألیف و ترجمه و تصحیح به زبانهای فارسی و انگلیسی در ایران و خارج از ایران از وی منتشر شده است.
مجموعه ای از بزرگداشت نامه ها و تاریخ بزرگداشت از جمله آثار وی است. حاج شیخ هادی نجم آبادی، احمد بیرشک، محمد حسن لطفی، محمود نجم آبادی، محمد قزوینی و عبدالحسین نوابی از جمله شخصیتهایی هستند که زندگینامه آنها از سوی مجتبایی نگاشته شده است.
شعر جدید فارسی، چیترا و گزیده اشعار، اشعار رابرت فراست، تاریخ ادبیات ایران از فردوسی تا سعدی، شهر زیبای افلاطون و شاهی آرمانی در ایران باستان، رای و برهمن براساس کلیله و دمنه بهرامشاهی و روضه العقول یا مرزبان نامه بزرگ نیز عناوین برخی از کتابها و ترجمه های وی هستند.
نظامی و هفت پیکر، ذکر چند سنه از تاریخ کبیر جعفری دربار تاریخ وفات فردوسی و خیام و ناصرخسرو، افلاطون و آئین داریوش، افلاطون و نظام طبقاتی هند و ایرانی، زرتشت و ایران شناسان این روزگار، بیرونی و هند، بررسی‌هایی درباره ابوریحان بیرونی به مناسبت هزار ولادت او، بیرونی و علم ادیان، یادنامه بیرونی، داستانهای بودایی در ادبیات فارسی، ایندو ایرانیکا، چند نکته درباره رستم و سهراب بنیاد شاهنامه، داستانهای بودایی در ادبیات فارسی، ایران و هند در دور ساسانی، عرفان پیر هرات، حافظ و امیرخسرو، آدم در یهود و مسیحیت، ابلیس در عرفان و ادب، ابن سینا ـ ادب و عرفان و زبان‌شناسی نیز نمونه هایی از 48 عنوان مقاله برگزیده مجتبایی است.