میکروسکوپ الکترونی به دسته‌ای از میکروسکوپ‌ها گفته می‌شود که از یک باریکه الکترونی برای تصویرسازی استفاده می‌کنند. ایده میکروسکوپ الکترونی توسط لیو زیلارد ارائه و ثبت شد.