به گزارش خبرنگار مهر، مسجد صاحب الامر به دستور شاه طهماسب یکم بنا شد و در آغاز متعلق به وی بود. شکل گنبد و مناره‌های مسجد با سایر مساجد آن دوره متفاوت است. از زمان شاه طهاسب یکم، تنها دو طاق مرمرین در این مسجد باقی مانده که جنبه تاریخی دارد.
در کنار یکی از طاق‌ها سنگ نوشته‌ای مرمرین و در بالای طاق دیگر سوره الجن نوشته شده است. مسجد صاحب الامر بعدها با حمله سپاهیان عثمانی به ایران به طور کامل ویران شد. اما بعد از عقب‌نشینی عثمانیان مسجد توسط میرزا محمد ابراهیم (وزیر آذربایجان در زمان شاه سلطان حسین) بازسازی شد.
مسجد صاحب‌الامر روزگاری محل برگزاری جلسه علمای تبریز با سید علی محمد باب بوده است و این جلسات از مهم‌ترین دلایل اهمیت تاریخی این مسجد است. مسجد صاحب‌الامر در نزدیکی بازار بزرگ تبریز قرار دارد.
امروزه در مسجد صاحب‌الامر موزه‌ای تحت عنوان موزه قرآن و کتابت قرار دارد. در این موزه انواع قرآن‌های خطی و تاریخی و نسخه‌هایی از کتاب‌های دعا و ادعیه‌ها قدیمی به نمایش گذاشته شده است.
این موزه بیش از ۲۲۰۰ اثر قرآنی دارد و در میان این آثار تابلوهای خوشنویسی و ظروف چینی نیز دیده می‌شود. مهم‌ترین اثرهای موجود در موزه، آثار ملأ عبدالباقی تبریز استاد خط ثلث، آثار میرزا محمد شفیع تبریزی و میرزا طاهر خوشنویس از دیگر استادان خط نسخ است.