بخش شرقی قدس از ژوئیه سال 1967 یعنی حدود 40 سال است که از سوی یهودیان اسرائیل اشغال شده که شامل بخشهای مختلفی می باشد.
مسجدالاقصی زمینی به مساحت 144 هزار متر مربع است که دیوارهای جنوبی و شرقی از قدس قدیم آن را احاطه کرده است. مسجدالاقصی بر بالای تپه موریا در وسط شهر قدس در فلسطین واقع شده که 15 در، 4 گلدسته، تعدادی نمازخانه، چاههای آب، ساختمان، مسجد جامع قبله ای، تعدادی قبه و قبة الصخره در بخش میانی را شامل می شود .
با توجه به اینکه مسجد در اسلام محل سجود گفته می شود، این بخش از زمین محدوده ای برای سجده و عبادت به شمار می رود که به تمام این محوطه مسجدالاقصی اطلاق می شود، بسیار مقدس است و بنا به روایتی به دست حضرت آدم (ع) ساخت شده که در دوره های مختلف اسلامی دو ساختمان اصلی در مسجدالاقصی بنا شد. اول مسجد قبله ای در جنوب و دیگری مسجد قبة الصخره در وسط که این دو مسجد داخل یک مسجد نیستند و همچنین هرکدام از آنها مسجدالاقصی نیستند، بلکه هر یک مسجدی در محوطه ای هستند که به آن مسجدالاقصی گفته می شود.
در مسجدالاقصی بناهای دیگری نیز وجود دارد که گفته می شود تعداد آنها به 200 اثر می رسد. تعدادی مدرسه، رواق، چاه، منبر و ستون.
اماکن مهم محوطه مسجدالاقصی: 1 مسجد قبله ای، 3 نمازخانه المروانی، 5 مسجد قبه الصخره، 8 دیوار جنوب غربی،11 دیوار المغاربه، 12 دیوار البراق، 13 باب السلسله.
اما اشغالگران یهودی بخشهایی از مسجدالاقصی را تصاحب کرده اند، باب المغاربه از جلمه آنهاست که از زمان اشغال فلسطین بر آن سیطره یافتند و با یورشهای متعدد مانع از ورود مسلمانان به آن شدند، بخش دیگر دیوار البراق است که جزئی از دیوار غربی مسجدلاقصی به شمار می رود و آن را به دیوار المبکی تبدیل کردند که جایی برای عبادت یهودیان به شمار می رود و مانع از نزدیک شدن مسلمانان به آن می شوند.
همچنین مدرسه تذکریه که از سال 1969 اشغال و به اردوگاه سربازان یهودی تبدیل شد و مدرسه عمریه که به شهرداری اشغالگران ملحق شد. همچنین دو اتاقک برای عبادت بالای صحن صخره قرار داشت که آن را به نقطه ای برای دیدبانی پلیس اسرائیل در قلب مسجدالاقصی تبدیل کردند. دیوار الکرد جزئی از دیوار غربی مسجدالاقصی است که نام دیوار مبکی کوچک را به آن دادند.
یهودیان از شیوه های مختلف برای تسلط به مسجدالاقصی استفاده کرده اند: اجازه ورود یهودیان به مسجدالاقصی، ممانعت از ورود مسلمانان، هتک حرمت، تقسیم بندی میان مسلمانان و یهودیان و ساخت و سازهای متعدد از جمله آنها به شمار می رود. اما آنچه بیش از همه اهمیت دارد این است که اشغالگران در نظر دارند مسجد قبة الصخره و یا مسجد قبله ای را به جای کل محوطه مسجدالاقصی نشان دهند و ذهن مسلمانان را از فضای کلی این مکان مقدس منحرف سازند.
بنابراین استفاده از اسم مسجدالاقصی به جای حرم قدسی شریف شامل مسجد قبله ای، مسجد قبة الصخره، دیوارها و تمامی فضای اطراف آن است. گاهی از مسجد قبله ای به اشتباه به عنوان مسجدالاقصی نام برده می شود که در واقع بخش جنوبی مسجدالاقصی است که دارای قبه ای سربی بوده و نمازخانه اصلی مردان محسوب می شود.
هنگامی که از دیگر بخشها چون نمازخانه مروانی، دیوار البراق، باب المغاربه یاد می شود، در واقع جزئی جدا نشدنی از مسجدالاقصی هستند. همچنین زمانی که گفته می شود نمازخانه البراق تنها نمازخانه است و مسجد نیست یا زمانی که مسجد المغاربه، مسجد زنان، نمازخانه قدیمی الاقصی این مفاهیم به درک مفهوم مسجدالاقصی با اعتبار اینکه مسجدی واحد نیست و حتی تعدادی مسجد هم نیست یا مجموعه مساجد جدا از هم نیست، بلکه محوطه ای است که همه این عناصر را در خود جای داده که جزئی جدانشدنی از آن به شمار می رود، کمک می کند.
آثاری که در مسجدالاقصی از اهمیت بسیاری برخوردارند. مسجد قبله ای که جزء جنوبی مسجدالاقصی است که رو به روی قبله قرار دارد که در زمان خلیفه راشد عمر بن خطاب در دوران فتوحات اسلامی به دنبال آن فتح قدس در سال 15 هجری ( 636 میلادی) بنا شد که طول آن از داخل 80 متر، عرض آن 55 متر است با قبه ای سربی که گنجایش 5 هزار و 500 نمازگزار را داراست. پس از اشغال از سوی صلیبیها، کنار آن کلیسا ساختند و در بخش دیگر آن استراحتگاه و انبار ذخایر که صلاح الدین ایوبی در سال 538 هجری ( 1187 میلادی) آن را آزاد کرد و منبری در آن قرار داد که بسیار زیبا بود. اما در سال 1967 این منبر از سوی یهودیان در زمان اشغال قدس آتش گرفت .
قبة الصخره نیز ساختمانی 8 ضلعی با گنبدی طلایی است که در قلب مسجدالاقصی واقع شده و از قدمی ترین و بزرگترین آثار معماری اسلامی به شمار می رود. عبدالملک بن مروان خلیفه اموی در سالهای 66 تا 86 هجری ( 685 تا 705 میلادی) به منظور نشان دادن عظمت اسلام به بازسازی این مکان پرداخت. نقش این مسجد در واقعه اسراء و معراج حضرت محمد (ص) اهمیت بسیاری دارد که مورد توجه مسلمانان است. زیر گنبد طلایی صخره ای است که به همین مناسبت مسجد صخره نام گرفته. در بخش تحتانی این صخره در سمت جنوبی جای پای پیامبر اکرم (ص) است که از این مکان به معراج رسید. محراب موجود نیز مکان برگزاری نماز جماعت پیامبر اکرم با دیگر انبیاء الهی و فرشتگان در شب معراج بوده است. در کنار صخره مقام حضرت خضر است. صخره بالاترین بقعه در مسجدالاقصی است که دارای مساحتی حدود 3 هزار متر مربع است که در زمان اشغال صلیبی ها به کلیسا تبدیل و بالای قبه صلیبی قرار داده شد که در زمان صلاح الدین ایوبی مسجد قبة الصخره آزاد شد.
گفته می شود اولین کسی که الاقصی را بنا کرد حضرت آدم (ع) بود که مساحت آن تاکنون تغییری نکرده است، سپس ابراهیم (ع) 2 هزار سال پیش از میلاد آن را بازسازی کرد و بعد فرزندانش اسماعیل و یعقوب. حضرت سلیمان (ع) نیز 1 هزار سال پیش از میلاد آن را تجدید بنا کرد.
مسجدالاقصی دارای 5 دروازه قفل و 10 دروازه باز است که باب الاسباط، باب حطه، باب شرف الانبیاء ( فیصل)، باب الغوائمه ( الخلیل)، باب الناظر، باب الحدید، باب القاطنین، باب المتوضأ ( المطهره)، باب السلسله، باب المغاربه از دروازه های باز هستند. باب المغاربه در دیوار غربی مسجدالاقصی واقع شده و بر بالای تپه ای خاکی قرار دارد که به دیوار چسبیده که گذرگاهی برای ورود نمازگزاران است، این منطقه نیز به منطقه المغاربه معروف است که یهودیان سعی در اشغال آن دارند تا معبری برای یهودیان به مسجدالاقصی باشد.