در بخش پیشین اشاره ای به تاریخ شکل‌گیری حوزههای فلسفی کردیم. در این بخش با اشاره به نظام آموزشی حوزه و با تأکید بر آموزش فلسفه در این مدارس به شرح دوره‌های آموزش حوزوی و منابع درسی ایشان می‌پردازیم.
تدریس در حوزههای علمیه در سه مرحله مقدمات، سطوح و خارج از دوران‌های قدیم و حتی در مدرسه اسکندریه رایج بوده است. نحوه تدریس در حوزه با گذشت زمان تغییر کرده است تا نیمه دوم قرن چهاردهم هجری دانش‌آموز وارد مکتب‌خانه می‌شد و پس از آشنایی با حروف به فراگرفتن قرآن کریم می‌پرداخت و پس از آشنایی با مقدمات صرف و نحو و غیره به حوزه داخل می‌گردید اما از زمان افتتاح مدارس جدید و انقراض مکتب‌خانه‌ها دانش‌آموزان پس از تکمیل دوره اول یا دوم متوسطه به حوزه ملحق می‌گردند و تعلیم در سه مرحله مقدمات، سطوح و خارج انجام می‌گردد.
در دوره مقدمات طلبه به فراگرفتن علم صرف، نحو تا حدی بلاغت و منطق و ادبیات عرب می‌پردازد، این دوره زمان محدودی ندارد و بنابر هوش طلبه بین 2 تا 4 سال طول می‌کشد. زبان تدریس در این دوره برحسب زبان مادری و قومی طلبه است و محل آموزش در مدارس دینی قدیم در حجره استاد یا خانه وی یا اینکه در تالاری که در مدارس قدیم به «مَدرَس» معروف است، به حساب می‌آمد. مهمترین منبع درسی در این دوره «جامع المقدمات» شامل چند کتاب به زبان‌های فارسی و عربی است که مقدمات علم صرف، علم نحو را شامل می‌شود.
همچنین در این دوره طلاب منطق مقدماتی را در کتاب‌هایی چون منطق کبرای جرجانی یاد می‌گیرند که در جامع المقدمات مندرج و به زبان فارسی است. بنا به ذوق و سلیقه متولیان مدرسه گاهی به طلاب دروس اخلاقی چون آداب المتعلمین و دروس تفسیری مقدماتی آموخته می‌شود. فارغ‌التحصیل دوره مقدمات «فاضل» خوانده می‌شود و تا پیش از انقلاب اسلامی در جهان تشیع مدرکی به طلاب داده نمی‌شد اما پس از انقلاب قانونی به تصویب رسید که دوره مقدمات را معادل دیپلم، سطوح را معادل لیسانس سه ساله و دوره کامل فقه و اصول را معادل دکترا شناختند و از طرف اداره حوزه قم گواهینامه لازم صادر می‌شود. در دوره سطح که در ایران به دو زبان عربی و فارسی تدریس می‌شود به دو قسمت تقسیم می‌شود.
سطوح فقه و سطوح عالی شامل قسمت‌هایی از فقه و اصول و مقدماتی از فلسفه و هیات و نجوم و تفسیر قرآن کریم و... است که حدود 4 یا 7 سال شدن در دوره سطح کسب علوم عقلی یا علوم نقلی را آغاز می‌کنند. طلبه‌ای که علوم عقلی را انتخاب می‌کند، با تسلط نسبی بر زبان عربی در منطق، منطق مظفر یا منطق منظومه را می‌خواند و در فلسفه شرح منظومه یا حکمت منظومه حاج ملاهادی سبزواری یا نهایته‌الحکمه اثر علامه طباطبایی را می‌خوانند. همچنین در دوره سطوح طلبه‌های علوم عقلی مباحثی از فقه استدلال و اصول در کتاب‌هایی چون اصول کفایه، قوانین و لمعه و... یاد می‌گیرند.
چنانکه اشاره کرده‌اند، با احتساب هر روز یک ساعت و هفته‌ای 5 ساعت، به زمانی حدود 20 سال نیاز است تا به شیوه اشاره شده یعنی خوانش متن و شرح آن، این کتاب‌ها آموزش داده شود. بنابراین دوره خارج زمان معینی ندارد و بنا به هوش و ذوق طلبه زمان‌های مختلفی را شامل می‌شود. در ایران تدریس در دوره‌های خارج نیز بیشتر به زبان فارسی صورت می‌پذیرد، گرچه شایسته است که در این دوره‌ها به زبان عربی تدریس شود.
خود فلاسفه نیز گاهی کتاب‌هایی جهت تلخیص آثار خود نوشته‌اند، مثلاً شواهد الربوبیه اثر ملاصدرا، تلخیصی خودنوشته از اسفار است که در بسیاری از موارد اساتید به جهت کمبود وقت آن را برای تعلیم انتخاب می‌کنند. برخی فلاسفه نیز چون حکیم که زمان معین و محدودی برای تدریس وجود ندارد و اوقات درس با ساعات نماز تنظیم می‌شود و مدت جلسه‌ها از یک ساعت تا یک ساعت و نیم طول می‌کشد. جلسه‌ها نیز چنانکه اشاره شد در حجره‌های اساتید تشکیل می‌شود و در مواردی که طلاب و طالبان علم فزونی یابند از شبستان‌های مسجد استفاده می‌شود.