منتقدان فایده‌گرایی ادعا می‌کنند که تعدادی خلل در این نظریه وجود دارد. یکی از مشکلات این رویکرد این است که فایده‌گرایی به عنوان یک نظام اخلاقی درست از سوی علم یا منطق مدلل و اثبات نشده است. با این همه مدافعان این نظریه هم مدعی می‌شوند که فایده‌گرایی مشترک میان همه مکاتب اخلاقی است ( و مشترک خود نظام منطق هم به حساب می‌آید) و تا دور و تسلسل محال است و راهی از است به باید نیست این نظریه هم موجه است.
به نظر این افراد حتی همه نظامهای سیاسی کم و بیش پیش‌فرضی فایده‌گرایانه را در خود نهفته و نهان دارند. یعنی همه آنها مدعی هستند که قصد افزایش شادی و رفاه و سعادت افراد را دارند. به نظر این افراد پاره‌ای از مؤلفه‌های مثبت فایده‌گرایی بدان جهت مثبت قلمداد می‌شوند که ریشه در طبیعت آدمی دارند.
مشکلی دیگر که با فایده‌گرایی عجین است بحث مقایسه خوشبختی و شادی در انسانهای گوناگون است. بسیاری از فایده‌گرایان متقدم امید داشتند که شادی را تا حدی بتوان از جهت کمی اندازه‌گیری کرد و از طریق محاسبات شادی، میان دو انسان مقایسه صورت داد هرچند که تاکنون کسی در مقام عمل موفق به انجام این کار نشده است. بدین جهت از این بحث شده است که شادی انسانهای مختلف قیاس ناپذیر است و محاسبه شادی امری ناممکن به حساب می آید و این کار نه در مقام عمل که در مقام نظر نیز ممکن نیست.
مدافعان فایده‌گرایی جواب می‌دهند که این مشکل در مقابل هر کس که بین دو حالت بدیل امور انتخاب می کند جایی که هر دو برای انسانها شادی به وجود می‌آورند قرار دارد. اگر شادی قیاس ناپذیر است مرگ صد انسان دردناکتر از درد یک انسان نخواهد بود. تقسیم بیماران به رده‌های مختلف از جهت شدت بیماری نمونه ای از موقعیت جهان واقعی است که فایده گرایی به نظر با موفقیت جواب می دهد.
دانیل دنت مثالی با عنوان مثال جزیره سه مایلی به کار می برد تا مشکل محاسبه شادی و خوشبختی را نشان دهد.آیا ایجاد یک نیروگاه اتمی در نزدیکی یک شهر امر درست یا نادرستی است؟ ( بر طبق نظر فایده گرایی) او اذعان می کند که تأثیرات بلند مدت سیاستگذاریهای هسته ای ممکن است از سوی بسیاری مثبت ارزیابی شود و ممکن است اثرات منفی آن نیز بیش از اندازه تخمین زده شود. نتیجه‌ای که وی از مثال خود می گیرد این است که حتی 20 سال زمانی اندک برای ارزیابی این پدیده و رسیدن به نتیجه ای درست است. فایده¬گرایان اشاره می کنند که فایده گرایی به نظر اصل ناگفته‌ای است که که هم از سوی مخالفان و هم از سوی مؤافقان انرژی هسته‌ای به کار می‌رود. اینکه چیزی نمی‌تواند در این لحظه مشخص شود اصل مشترک در علم است و تنها با پیشرفتهای بیشتر این نکته قابل شناختن است.
فایده گرایی همچنین بابت ارائه پاره‌ای آموزه‌ها که در تعارض با اخلاق "عقل عرفی" قرار می‌گیرند مورد انتقاد قرار گرفته است. به طور مثال از این نکته بحث شده که این مورد وفاق کلی است که انسان هرگز نباید انسانها را برای انسانهای دیگر فدا کند. با این همه فایده گرایان از این نکته بحث می‌کنند که "عقل عرفی" برای این به کار رفته تا مواضع بسیاری را در باب هر دو طرف موضوعات مناقشه برانگیز توجیه کند و این مفهوم از فردی تا فرد دیگر تغییر معنا می دهد و همین نکته این مفهوم را به مبنایی غیرمناسب برای اخلاقیات مشترک مبدل می سازد. با توجه به این مثال این عملی منصفانه است که انسان پاره ای از سربازان و شهروندان را در یک جنگ که برای دفاع است فدا کند.