شواهد مربوط به دغدغه دکارت در مورد اهمیت عملی فلسفه را می‌توان در اولین نوشته‌های او دنبال کرد. او در توافق با فیلسوفان یونان باستان هدف فلسفه را نیل به حکمتی می‌داند که برای نیکبختی کافی باشد. جزئیات این موضع بیش از همه در واپسین نوشته‌های دکارت طرح شده است: در مکاتبه‌اش با پرنسس الیزابت، "انفعالات روح" و در مقدمه ترجمه فرانسوی "اصول فلسفه" جایی که تصویر مشهور خویش از درخت فلسفه را طرح می‌کند که بالاترین شاخه آن "بالاترین و کامل‌ترین نظام اخلاقی است که شناخت کامل دیگر علوم را پیش‌فرض می‌گیرد و آخرین مرتبه حکمت است".
[درهرحال] این مسئله که دکارت چندان درباره اخلاق ننوشته است این گمان را برای برخی ایجاد کرده است که این موضوع در فلسفه او جایگاهی ندارد. گرایش به درک فلسفه دکارت بر اساس الویت دادن به دو کتاب مشهور او "گفتار در روش" و "تأملات در فلسفه اولی" که تا همین اواخر رایج بوده، این گمان را تقویت کرده است. اگرچه این دو اثر، هردو، بصیرت‌هایی درباره اخلاق دکارت به‌همراه دارند، اما هیچ‌کدام موضع او را به تفصیل بیان نمی‌کنند.
در نوشته‌های دکارت برداشتی منسجم از هدف فلسفه آشکار است. او در اولین قاعده از اثر ناتمام "قواعد هدایت ذهن" می‌گوید: غایت تحقیق باید این باشد که ذهن انسان در تمام موضوعاتی که برای او مطرح می‌شود متوجه احکام دقیق و صحیح باشد". غایت اصلی فلسفه پرورش استعداد فرد برای حکم‌کردن دقیق است که دکارت آن را "خرد نیک" و "حکمت جهانشمول می‌داند". این غایت را باید برای خود آن دنبال کرد، زیرا سایر اهداف ممکن است ما را از مسیر تحقیق منحرف کنند.
با وجود این، دکارت بر مزایای عملی حکمتی که از این طریق به دست آمده باشد، تأکید می‌کند: هر فرد باید بسنجد که "چگونه می‌تواند شعور طبیعی خرد خویش را افزایش دهد... به‌طوری که در تمامی پیشامدهای زندگی عقل او به اراده‌اش نشان دهد که باید چه تصمیمی بگیرد". به این ترتیب، می‌توان انتظار داشت که "ثمرات معقول" علوم تحقق یابند: "خوشی‌های زندگی" و "لذتی که از ژرف‌اندیشی در حقیقت به دست خواهد آمد، که در عمل تنها نیکبختی کامل و عاری از رنج این زندگی است".
همین نکته آخر دغدغه اصلی اخلاق دکارت را نشان می‌دهد. او، در توافق با فیلسوفان یونان باستان، غایت عملی فلسفه را تحقق‌بخشیدن به زندگی نیک می‌داند: زندگی‌ای که بهترین وجودی را که انسان می‌تواند آرزوی دستیابی به آن را داشته باشد در آن به دست می‌آوریم. دکارت این زندگی را برمبنای نوعی شکوفایی ذهنی وصف می‌کند که آن را "خرسندی ذهن" یا "آرامش" نام می‌نهد. در این مورد تأثیر اخلاق رواقی و اپیکوری بر او مشهود است.
دکارت به پیروی از یکی از مهمترین مضامین مکتب یونانی‌گری فلسفه را به شکلی از درمان تشبیه می‌کند که می‌تواند ناخوشی‌های ذهن را درمان کند (ناخوشی‌هایی که مانع نیکبختی آن هستند)، همان‌طور که پزشکی ناخوشی‌های جسم را درمان می‌کند. همان‌طور که در یکی از نخستین نوشته‌هایش اظهار می‌کند: "من از اصطلاح "رذیلت" برای اشاره به ناخوشی‌های ذهن استفاده می‌کنم که شناختن آن‌ها به اندازه ناخوشی‌های جسم آسان نیست. این امر از آن رو است که ما به کرات سلامت جسمانی کامل را تجربه کرده‌ایم ولی هیچ‌گاه سلامت حقیقی ذهن را نشناخته‌ایم".
بنابراین مسئولیت فلسفه این است که ما را "به سلامت حقیقی ذهن" برساند و فلسفه این کار را از طریق پرورش "داوری صحیح و دقیق" انجام می‌دهد. مهم است که دکارت- باز هم در توافق با فیلسوفان یونان باستان- تلاش‌هایش را بر نیکبختی‌ای متمرکز می‌کند که در زندگی طبیعی انسان تحقق‌پذیر است. او هشیار است که خاطرنشان کند باور به این‌که "نیکبختی متعالی- که تنها بر عبادت حضرت حق" مبتنی است و صرفا از راه موهبت الهی به دست می‌آید- برای "زندگی آخرت" در نظرگرفته شده است، باوری جزمی است.
هرچند، برخلاف موضعی که آکویناس و یزدان‌شناسان کاتولیک روم از آن دفاع می‌کنند، توجه به این "رستگاری فراطبیعی" هیچ نقشی در نظام دکارت ندارد. برعکس، او تأکید می‌کند که نیکبختی واقعی در این زندگی دست‌یافتنی است، با وجود آزمون‌هایی که با آن مواجه می‌شویم. او به مرسن می‌گوید: "یکی از مهمترین نکته‌های اصول اخلاقی من عشق‌ورزی عاری از ترس مرگ به زندگی است". راه حل شکوفاکردن این نگرش ایجابی نسبت به زندگی پرورش خرد است: "فلسفه حقیقی ... به ما می‌آموزد که حتی در گرماگرم غم‌انگیزترین فاجعه‌ها و تلخ‌ترین دردها همواره می‌توانیم خرسند باشیم، به شرط آن که بدانیم چگونه از خرد خویش استفاده کنیم".
نظر دکارت درباره اهمیت اخلاق در گفته‌ای طرح‌گونه که در مقدمه ترجمه فرانسوی "اصول فلسفه"(1647) آمده ، به آشکارترین وجه بیان شده است. در اینجا او برداشت خویش از فلسفه را با اصطلاحات سنتی جالبی بیان می‌کند: "واژه فلسفه به معنی مطالعه حکمت است و مقصود از "حکمت" صرفا دوراندیشی در امور زندگی روزمره نیست بلکه شناخت کامل همه چیزهایی است که نوع بشر می‌تواند آن‌ها را بشناسد، هم برای اداره کردن زندگی و هم برای حفظ سلامتی و کشف هر نوع مهارت".
دکارت بر آن است که شناسایی نظم ضروری میان اجزای مختلف شناخت راه نیل به این حکمت است. نظمی که او در تصویر خود از "درخت فلسفه" ترسیم می‌کند: " ریشه‌های درخت متافیزیک هستند، تنه درخت فیزیک است و شاخه‌هایی که از تنه منشعب می‌شوند علوم دیگر هستند که می‌توان آن‌ها را به سه علم اساسی یعنی پزشکی، مکانیک و علم اخلاق فروکاست". متافیزیک در این طرح بنیانی است، اما این دانش و دانش فیزیک که بر آن استوار است برای حسن‌هایی عملی مورد جستجو قرار می‌گیرند که از علم پزشکی، مکانیک و اخلاق حاصل می‌شود: "همان‌طورکه ما از ریشه‌ها یا تنه درخت میوه نمی‌چینیم، بلکه تنها از انتهای شاخه‌ها میوه می‌چینیم. بنابراین حسن اصلی فلسفه بر آن بخش‌هایی مبتنی است که آخر از همه می‌توان آن‌ها را آموخت".
علم اخلاق در میان این علوم مقدم است: "[علم اخلاق] عالی‌ترین و کامل‌ترین نظام اخلاقی است که شناخت کامل دیگر علوم را پیش‌فرض‌می‌گیرد و بالاترین مرتبه حکمت است". به خاطر همین علم سرآمد است که دکارت امیدوار است خوانندگانش " دریابند که تداوم جستجو برای این حقایق تا چه پایه مهم است و این حقایق ما را به چه درجه بالایی از حکمت می‌رسانند و چه کمال و خشنودی‌ای برای زندگی‌مان به ارمغان می‌آورند".